Zasady wymiaru oraz poboru podatku w imporcie towarów związane są ze specyfiką importu jako czynności opodatkowanej podatkiem VAT. Sam przywóz powoduje obowiązek zapłaty podatku VAT. Obowiązek rozliczenia podatku należnego VAT z tytułu importu towarów ciąży na podmiocie przywożącym towary niezależnie od tego czy ma on prawo do rozporządzania przywiezionym towarem jak właściciel. W rezultacie, każdy podmiot importujący towary jest zobowiązany rozliczyć podatek VAT z tytułu importu towarów, które zostały przywiezione do Polski.
Kluczowy dla posiadania prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego z tytułu importu jest związek importowanych towarów z czynnościami opodatkowanymi VAT dokonywanymi w ramach działalności gospodarczej przez importera. Sam fakt posiadania prawa własności towarów przez importera pozostaje bez wpływu na jego prawo do odliczenia podatku naliczonego. Dokumentami celnymi w przypadku importu towarów są m.in.:

• dokument SAD – w przypadku dokonania zgłoszenia celnego w formie papierowej,
• poświadczone zgłoszenie celne PZC – gdy zgłoszenia celnego dokonano elektronicznie.

Podatnik musi więc ustalić, kiedy urząd celny przyjął zgłoszenie celne i przyjąć, że tego dnia powstał u niego obowiązek podatkowy w podatku VAT i jednocześnie prawo do odliczenia podatku naliczonego, pod warunkiem że podatnik będzie w posiadaniu tego dokumentu celnego. Data otrzymania towarów nie ma w tej sytuacji znaczenia.

Jeżeli zgłoszenie towarów do odprawy celnej dokonywane jest przez przewoźnika, który na podstawie przepisów celnych może zostać zobowiązany do uiszczenia zobowiązania wynikającego z cła oraz podatku VAT z tytułu importu towarów, uregulowany przez tego przewoźnika należny podatek z tytułu importu towarów nie będzie stanowił u niego podatku naliczonego i nie będzie podlegał odliczeniu. Te same zasady w kwestii odliczania podatku naliczonego będą dotyczyły wszystkich podmiotów, które w rozumieniu przepisów Wspólnotowego Kodeksu Celnego mogą być uznane za dłużników i zobowiązane do uiszczenia należnego podatku VAT z tytułu importu towarów (np. przedstawiciele pośredni, agencje celne, przewoźnicy, podmioty dokonujące importu towarów na rzecz innych podmiotów itd.).

W każdym przypadku należy badać, czy koszt towarów powodujących naliczenie podatku z tytułu importu jest włączony w cenę transakcji objętych podatkiem należnym (w cenę towarów lub usług), świadczonych przez tego konkretnego podatnika w ramach jego działalności gospodarczej. Stanowisko to potwierdził m.in. Dyrektor KiS w interpretacji z 1 sierpnia 2022r., sygn. 0114-KDIP1-2.4012.318.2022.1.RM.

W sytuacji, gdy przedmiotowe zgłoszenie celne dokumentuje faktyczną czynność importu towarów, kwota podatku VAT została wykazana prawidłowo, natomiast błędy w zgłoszeniu celnym dotyczyły ilości zaimportowanych towarów oraz jednostek miary i nie mają one wpływu na cenę faktycznie uzgodnioną pomiędzy stronami transakcji i rzeczywiście zapłaconą, to nie wystąpią przesłanki negatywne, o których mowa w art. 88 ust. 3a pkt 4 ustawy VAT i podatnikowi będzie przysługiwać prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z dokumentu celnego.

Organy podatkowe wskazują na temat rozliczenia rabatów w imporcie i potwierdzają również, że podatnik rozliczający import towarów w deklaracji podatkowej powinien rozliczyć rabat na bieżąco, w miesiącu złożenia zgłoszenia celnego uzupełniającego albo wniosku o jego sprostowanie (np. interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 10 listopada 2020 r., sygn. 0111-KDIB3-3.4012.481.2020.1.PK). Jeżeli podatnik wykaże VAT należny od importu usług, dla których podatnikiem jest nabywca, w drodze korekty deklaracji podatkowej za okres powstania obowiązku podatkowego od tych czynności, to w korekcie tej może uwzględnić także VAT naliczony, niezależnie od terminu jej złożenia do czasu przedawnienia.