Polscy przedsiębiorcy będący aktywnymi podatnikami VAT sprzedają towary, stosując niekiedy procedurę VAT marża. Faktura wystawiana z zastosowaniem tej procedury wymaga wczytania do KSeF, jeśli nabywcą jest podmiot prowadzący działalność gospodarczą. Istotne jest właściwe określenie podstawy opodatkowania na fakturze.

Zgodnie z art. 120 ust. 1 pkt 6 ustawy o VAT, przez kwotę nabycia należy rozumieć całość wynagrodzenia należnego dostawcy towaru. W związku z tym wszystkie koszty poniesione na rzecz sprzedawcy, które są bezpośrednio związane z nabyciem pojazdu, w tym m.in.:

• cena pojazdu,
• opłaty aukcyjne,
• koszty obsługi,
• koszty transportu,

powinny być traktowane jako element kwoty nabycia. Bez poniesienia tych kosztów nabycie towaru, np. pojazdu, nie byłoby możliwe, a wszystkie płatności dokonywane są na rzecz jednego podmiotu, co dodatkowo potwierdza ich związek z transakcją.

Podatnik ma prawo uwzględnić wszystkie powyższe koszty jako element kwoty nabycia, a tym samym pomniejszyć podstawę opodatkowania w procedurze VAT marża. Wskazuje na to m.in. interpretacja Dyrektora KIS z 22 czerwca 2026 r., sygn. 0114-KDIP1-3.4012.234.2026.1.KAB, podobnie w interpretacji indywidualnej Dyrektora KIS z 14 czerwca 2023 r., sygn. 0114-KDIP1-3.4012.204.2023.1.LK.

Podatnik sprzedający towary z zastosowaniem procedury VAT marża powinien przechowywać dowody zakupu do czasu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Jednak dyspozycja przepisu art. 120 ust. 10 pkt 1 ustawy nie uzależnia zastosowania szczególnej procedury opodatkowania, tj. procedury VAT marża od podania danych personalnych zbywcy towarów używanych, tj. osób fizycznych (niebędących podatnikami VAT).

Organy podatkowe wskazują (m.in. Dyrektor KIS w interpretacji z 9 maja 2025 r., sygn. 0112-KDIL1-3.4012.162.2025.1.MR), że w przypadku braku pisemnej umowy sprzedaży,  jeśli podatnik prowadzi ewidencję zakupu towarów używanych określonych w art. 120 ust. 1 pkt 4 ustawy, nabytych od osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej i na podstawie tej ewidencji oraz na podstawie posiadanych ww. dokumentów może określić podstawę opodatkowania (tj. kwotę marży, stanowiącą różnicę między kwotą sprzedaży a kwotą nabycia, pomniejszoną o kwotę podatku), to do sprzedaży tych towarów może stosować szczególną procedurę opodatkowania, tj. procedurę VAT marża, określoną w art. 120 ust. 4 ustawy. Dodatkowo trzeba pamiętać o oznaczeniu procedury w JPK v7m/v7K jako MR_UZ.

Podatnik w ramach własnej archiwizacji korespondencji może dokonywać np. „zrzutów ekranu” lub kopiować zapisy rozmowy i zachowywać je w formacie PDF na dysku. Podatnik powinien posiadać historię płatności z aplikacji, z której korzysta oraz ewidencjonować dane wynikające z zawartych transakcji, w szczególności: datę zakupu, miejsce zakupu, dane sprzedawcy (jeśli to możliwe), opis zakupionego przedmiotu oraz kwoty nabycia towaru, niezbędne do określenia kwoty marży, stanowiącej różnicę między kwotą sprzedaży a kwotą nabycia, pomniejszoną o kwotę podatku.