Wprowadzony w ramach reform podatkowych minimalny podatek dochodowy (art. 24ca ustawy o CIT) stał się realnym obciążeniem dla wielu spółek w Polsce. Przepisy te objęły podmioty- PGK i spółki, które wykazują stratę podatkową lub ich wskaźnik dochodowości z działalności operacyjnej nie przekracza 2%. Ustawodawca przewidział jednak mechanizm, który pozwala odzyskać realnie zapłacone środki poprzez odliczenie podatku minimalnego od „klasycznego” podatku dochodowego (CIT) obliczonego na zasadach ogólnych.

Mechanizm ten obwarowany jest restrykcyjnymi zasadami, które wykluczają pełną swobodę dysponowania nadwyżką podatkową. Zgodnie z art. 24ca ust. 13 ustawy o CIT, kwotę zapłaconego za dany rok minimalnego podatku dochodowego można odliczyć od standardowego podatku CIT. Odliczenia dokonuje się w zeznaniu rocznym za kolejno następujące po sobie 3 lata podatkowe bezpośrednio po roku, za który dokonano wpłaty. Podatnik ma obowiązek podzielić kwotę zapłaconego podatku minimalnego na trzy równe części. W każdym z trzech kolejnych lat podatkowych odliczeniu podlega wyłącznie jedna trzecia (1/3) tej kwoty.

Przykładowo, jeżeli spółka za dany rok podatkowy (2024) została zobowiązana do zapłaty minimalnego podatku dochodowego w wysokości 30 000 zł, kwota ta nie może zostać ujęta w całości jako koszt ani odliczona jednorazowo.

1. Kwota 30 000 zł zostaje podzielona na 3 równe części po 10 000 zł.

2. W pierwszym roku po wpłacie (2025) spółka generuje wysoki dochód i jej standardowy CIT wynosi 50 000 zł. Może odliczyć tylko 10 000 zł (płaci 40 000 zł).

3. W drugim roku (2026) standardowy CIT wynosi 15 000 zł. Spółka odlicza kolejną część (10 000 zł) i wpłaca do urzędu 5 000 zł.

4. W trzecim roku (2027) spółka ponownie wykazuje stratę podatkową (CIT wynosi 0 zł). Przypisana do tego roku część odliczenia (10 000 zł) przepada, ponieważ przepis nakazuje odliczanie w kolejno następujących po sobie latach i nie pozwala na przenoszenie niewykorzystanych części na dalsze okresy.

Zapłata podatku minimalnego oraz jego późniejsze odliczanie dokumentuje się w części D formularza CIT/M, stanowiącego integralny załącznik do rocznego zeznania podatkowego. Organom podatkowym bardzo łatwo będzie teraz sprawdzić poprzez zakładkę Dziennik i Konto zapis w JPK KR PD, jakie operacje w ciągu roku ujmowane były w koszty i które pozycje podatnik może wyeliminować z kosztów przy obliczaniu udziału dochodu w przychodach do celów podatku minimalnego.

Możliwe będzie również sprawdzenie wyliczenia podstawy opodatkowania bazującej na przychodach podatnika i kosztach finansowania dłużnego oraz kosztach części usług poniesionych bezpośrednio lub pośrednio na rzecz podmiotów powiązanych. Część podatników będąca na stracie podatkowej może uniknąć tego podatku, jeśli struktura ich kosztów wskazuje na dominujące koszty wynagrodzeń czy amortyzacji, które może częściowo wyeliminować z kalkulacji w podatku minimalnym i tym samym podwyższyć wskaźnik dochodowości.