Krajowy System e-Faktur jako platforma dla polskich podatników do wystawiania i odbioru faktur wchodzi już w lutym 2026 roku, ale nie będzie obsługiwała wszystkich dokumentów. Obowiązek, który będzie wynikał z art. 106ga ust. 1 ustawy od 1 lutego 2026 r., nie wymaga wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) w przypadku czynności niepodlegających pod opodatkowanie VAT.

Noty księgowe jako dokumenty poza KSeF

W sytuacji dokumentowania wyłącznie czynności niepodlegającej opodatkowaniu VAT – nie wystawia się faktury. Z obowiązujących przepisów dotyczących KSeF nie wynika, aby przy użyciu KSeF wystawiane musiały być noty księgowe typu noty obciążeniowe czy odsetkowe. Dokumenty te nie stanowią faktur w rozumieniu ustawy. Jedynie w przypadku, kiedy podatnik świadczy usługi finansowe w ramach prowadzonej działalności (np. instytucja pożyczkowa), wystawia faktury na odsetki i ten typ faktur będzie trafiał do KSeF w przypadku, kiedy nabywcą usługi jest przedsiębiorca. Stosowana wówczas stawka VAT to stawka zwolniona zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt. 38 ustawy VAT.

Ewidencja JPK a KSeF

Tym samym w przypadku wykonywania czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT, takich jak np. obciążenie kwotą odszkodowania odsetek, nadal będą one wymagały wystawienia not obciążeniowych/odsetkowych jako dokumentów księgowych, które nie będą wykazywane ani w JPK ani w KSeF. Podobnie poza KSeF będą funkcjonowały paragony czy zagraniczne faktury zakupowe, mimo że wymagają rozliczenia podatku VAT w deklaracji JPK.

KSeF ma na celu sprawdzenie prawidłowości rozliczenia sprzedaży dokumentowanej fakturami przez podatników i prezentowanej w deklaracji JPK. Dlatego nie będzie koncentrował się na innych dokumentach księgowych poza fakturami, do tego będzie służyć struktura JPK KR PD i JPK ŚT. Ustawodawca więc poprzez wprowadzenie szeregu plików, które mają wysyłać podatnicy wielowymiarowo, zweryfikuje, czy czynność powinna podlegać pod VAT i czy podatnik właściwie wystawił notę lub fakturę.