Podatnicy, którzy działali dotychczas w specjalnych strefach ekonomicznych, mogą od 2027 roku zdecydować się na wybór estońskiego CIT. Zgodnie z art. 28k ust. 1 pkt 3 ustawy CIT przepisów rozdziału dotyczącego ryczałtu od dochodów spółek nie stosuje się do podatników osiągających dochody, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a ustawy CIT.

W konsekwencji z opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek wyłączeni są m.in. podatnicy osiągający dochody zwolnione w związku z działalnością prowadzoną na terenie SSE na podstawie zezwolenia lub na podstawie decyzji o wsparciu. Podatnik korzystający ze zwolnienia strefowego nie może więc skutecznie wybrać opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek w okresie, w którym nadal osiąga dochody objęte tym zwolnieniem.

Jednak spółka po wydaniu dla niej w roku 2026 decyzji w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia zezwolenia (ostatnim rokiem korzystania ze zwolnienia strefowego jest 2025 rok), na podstawie art. 19 ust. 5 pkt 3 ustawy o SSE, jeszcze w tym samym roku podatkowym, tj. w roku 2026, może wybrać ryczałt od dochodów spółek, o którym mowa w art. 28c i nast. ustawy CIT, tj. w trakcie roku podatkowego, w którym spółka uzyskała decyzję stwierdzającą wygaszenie zezwolenia. Takie stanowisko zaprezentował m.in. Dyrektor KIS w interpretacji z 4 grudnia 2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.723.2025.1.DW.

Jeśli spółka przestanie korzystać ze zwolnienia z podatku CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT w 2025 roku, to w 2026 r. jest ona uprawniona do rozpoczęcia korzystania z ryczałtu od dochodów spółek. Natomiast w sytuacji, w której zezwolenie na prowadzenie działalności na terenie SSE wygaśnie z dniem 31 grudnia 2026 r., a posiadane przez spółkę decyzje o wsparciu zostaną wygaszone przed dniem 1 stycznia 2027 r., to art. 28k ust. 1 pkt 3 ustawy CIT nie będzie stanowił przeszkody do wyboru przez spółkę opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek od dnia 1 stycznia 2027 r., pomimo że w 2027 r. złoży zeznanie CIT za 2026 r., w którym wykaże dochody korzystające ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy CIT.

Złożenie tego zeznania stanowi wyłącznie rozliczenie dochodu osiągniętego w okresie obowiązywania zezwolenia i nie oznacza osiągania przez spółkę dochodów strefowych w 2027 roku. Zyski wypracowane w specjalnej strefie do końca 2026 r. (rozliczone na starych zasadach jako wolne od podatku) powinny zostać wyraźnie wyodrębnione w kapitałach w księgach rachunkowych spółki poprzez utworzenie kont analitycznych. Do tych kont ustawodawca wprowadził też specjalne bilansowe znaczniki w celu przygotowania struktury JPK CIT.

W trakcie prac jest projekt nowelizacji ustawy o podatku dochodowym, który zakłada całkowitą likwidację możliwości wyboru estońskiego CIT w trakcie trwającego roku podatkowego. Jeśli zmiana ta wejdzie od 2027 roku, to spółki zainteresowane przejściem na estoński CIT musiałyby zacząć jego stosowanie już od stycznia.