Procedura tzw. samofakturowania jest uregulowana w art. 106d ustawy o VAT. Przepisy w zakresie tej procedury nie uległy zmianie w związku z wejściem w życie przepisów w zakresie obligatoryjnego KSeF. Nadal umowa w sprawie samofakturowania musi określać procedurę zatwierdzania poszczególnych faktur przez podatnika (sprzedawcę) dokonującego tych czynności.

Potwierdzenie prawidłowości, wystawianej przez nabywcę, w imieniu i na rzecz sprzedawcy faktury na podstawie art. 106d ust. 1 ustawy, powinno nastąpić bezpośrednio przed jej wprowadzeniem do obrotu prawnego (tj. przed przesłaniem pliku xml do KSeF). Akceptacja może przybrać:

• formę aktywną (np. przesłanie drogą mailową zastrzeżeń lub uwag do zaproponowanej przez nabywcę treści pliku XML przed przesłaniem go do KSeF bądź informacja mailowa o braku zastrzeżeń),
• formę bierną (np. brak zgłoszenia uwag w danym terminie oznacza akceptację treści zaproponowanej w pliku XML, tzw. „milcząca zgoda”).

W przypadku, gdy sprzedawca nie zgodzi się z treścią przygotowanego przez nabywcę pliku XML, nie ma przeszkód, aby plik ten został poprawiony i dopiero w takiej postaci przesłany przez nabywcę do Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Kolejno nabywca uwierzytelniony w KSeF przesyła plik XML faktury do KSeF, tj. wprowadza do obrotu prawnego fakturę ustrukturyzowaną. Obowiązują go te same tryby co innych, online bądź offline24.

Dyrektor KIS w interpretacji z 2 marca 2026 r., sygn. 0112-KDIL1-3.4012.874.2025.2.KK potwierdził, że podatnikowi nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur podwykonawców, wystawionych przez podatnika w ramach samofakturowania, w przypadku, gdy proces zatwierdzania faktur przez podwykonawców będzie się odbywał po wprowadzeniu faktury do KSeF.

Samofakturowanie w KSeF będzie wiązało się z fakturami korygującymi w większym zakresie niż przy tradycyjnym modelu samofakturowania, jaki obowiązywał dotychczas. Nadal trzeba pamiętać o umieszczeniu na fakturze zwrotu: „samofakturowanie”. Szczególnie ważne będzie przeszkolenie ze zmian nabywców, którzy są podmiotami unijnymi i nadal będą wystawiać faktury w imieniu polskiego sprzedawcy (WDT).

KSeF nie przewiduje możliwości nadania uprawnienia do samofakturowania w ograniczonym zakresie, np. wyłącznie do wystawiania faktur pierwotnych. Takie ograniczenie może wynikać jedynie z postanowień umownych pomiędzy sprzedawcą a nabywcą. W sytuacji, gdy po wystawieniu faktury wystąpią przypadki wskazane w art. 106j ust. 1 ustawy VAT (np. zmianie uległa podstawa opodatkowania lub kwota podatku, zwrócono towar/opakowania, zwrócono zaliczkę lub stwierdzono pomyłkę w dowolnej pozycji), należy wystawić fakturę korygującą i wczytać ją do KSeF.