Po wejściu w życie KSeF od 1 lutego 2026 roku część podatników zaczęła wystawiać ustrukturyzowane faktury korygujące dotyczące np. rabatów, upustów, ale również korygujące błędy w pierwotnych fakturach. Nie każdy program do fakturowania w sposób czytelny wystawia fakturę korygującą. Zgłaszane są już pierwsze problemy w zakresie wczytywania kolejnej korekty do już istniejącej korekty w KSeF.

Najbardziej uciążliwa w przygotowaniu jest korekta ze względu na niewłaściwy NIP nabywcy umieszczony na fakturze pierwotnej. Nie należy wystawiać faktury korygującej błędny numer NIP na inny prawidłowy, gdyż w KSeF nie wystąpi sytuacja, że fakturę odebrał podmiot będący rzeczywistą stroną transakcji, a jedynie jego numer NIP, podany w tej fakturze był błędny. Wynika to z uwarunkowań systemowych. Faktura z błędnym NIP nabywcy zostanie po przetworzeniu udostępniona podmiotowi o takim numerze NIP (mimo iż to nie on jest faktycznym nabywcą towaru).

Anulowanie faktury nie jest możliwe w przypadku, gdy faktura została wystawiona na błędnego nabywcę (błędny identyfikator podatkowy NIP w polu Podmiot2/DaneIdentyfikacyjne/NIP). W KSeF, aby skorygować błąd związany z wystawieniem faktury na podmiot związany z fakturą z jego błędnymi lub niepełnymi danymi, należy wystawić fakturę korygującą do zera oraz nową fakturę z poprawnymi danymi tego podmiotu.

Natomiast w sytuacji, gdy korekta spowodowana jest przyczynami istniejącymi już w momencie wystawienia faktury pierwotnej, to powinna ona zostać rozliczona w deklaracji podatkowej za okres, w którym została wykazana faktura pierwotna. Sprzedawca powinien rozliczyć dokonaną sprzedaż zgodnie z momentem powstania obowiązku podatkowego dla danej sprzedaży. Wystawione faktury korygujące powinny zostać wykazane w JPK w rozliczeniu za okres rozliczeniowy, w którym wystąpiła przyczyna korekty, tj. w okresach rozliczeniowych, w których będą wystawiane pierwotne faktury. Wskazuje na to m.in. Dyrektor KIS w interpretacji z 11 lutego 2026 roku, sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.1091.2025.1.JM.

W przypadku faktur korygujących zmniejszających, dotyczących transakcji związanych ze sprzedażą, wystawionych na podstawie art. 106nda ust. 1, art. 106nf ust. 1 lub art. 106nh ust. 1 ustawy o VAT (w tzw. trybach offline) oraz udostępnionych nabywcom przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur, korekty dokonuje się w rozliczeniu za okres rozliczeniowy, w którym sprzedawca prześle fakturę korygującą do Krajowego Systemu e-Faktur.

Natomiast w interpretacji z 5 marca 2026r., sygn. 0111-KDIB3-1.4012.919.2025.3.MG Dyrektor KIS wskazał, że w przypadku faktur korygujących wystawionych w trybach offline, które zostaną udostępnione nabywcom w sposób inny niż przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (poza KSeF), obniżenie podstawy opodatkowania i podatku należnego powinno nastąpić w okresie rozliczeniowym, w którym zostanie wystawiona faktura korygująca w trybach offline, tj. w dacie, o której mowa w art. 106e ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, wskazanej na tej fakturze, tj. w polu P_1.