Część podatników prowadzących działalność w formie spółek prawa handlowego może być zobligowana do zapłaty podatku minimalnego zgodnie z art. 24ca ustawy CIT. Minimalny podatek dochodowy w wysokości 10% podstawy opodatkowania skierowany jest, co do zasady, do podatników będących spółkami oraz podatkowymi grupami kapitałowymi, mających siedzibę lub zarząd na terytorium Polski, którzy w ramach działalności operacyjnej ponoszą stratę lub wykazują określony niski wskaźnik dochodowości (udział dochodów w przychodach w wysokości nieprzekraczającej 2%).

Szczególnie istotne wydaje się zweryfikowanie swojego statusu przez spółki, których udziałowcami są spółki miejskie i gminne. Istotny jest fakt czy spółka prowadzi działalność komunalną czy inną. Gospodarka komunalna obejmuje w szczególności zadania o charakterze użyteczności publicznej, których celem jest bieżące i nieprzerwane zaspokajanie zbiorowych potrzeb ludności w drodze świadczenia usług powszechnie dostępnych. Z art. 24ca ust. 14 pkt 8 ustawy o CIT wynika, że podatkowi minimalnemu nie podlegają podatnicy będący spółkami prowadzącymi gospodarkę komunalną, o których mowa w rozdziale 3 ustawy o gospodarce komunalnej.

Sam fakt, że wspólnik jest podmiotem, w którym 100% udziałów posiada gmina, nie powoduje, że spółka jest z udziałem jednostki samorządu terytorialnego. Takim podmiotem jest wspólnik, w konsekwencji spółka, w której gmina jedynie pośrednio posiada udziały, nie może być uznana za spółkę z udziałem jednostki samorządu terytorialnego. Stanowisko takie prezentuje m.in. Dyrektor KOS w interpretacji z 17 lipca 2025 r., sygn. 0111-KDIB2-1.4010.202.2025.1.AJ.

Minimalny podatek dochodowy jest podatkiem rocznym, obliczanym po zakończeniu danego roku obrotowego. Podatnicy obowiązani do zapłaty minimalnego podatku dochodowego w rocznym zeznaniu podatkowym wykazują podstawę opodatkowania wraz z pomniejszeniami o ewentualne odliczenia i kwotę minimalnego podatku dochodowego. Można więc skorzystać z obniżenia jej o ulgi podatkowe.

Gdyby jednak podatnik miał możliwość rozliczenia ulgi również z lat ubiegłych np. ulgi B_R to może ją uwzględnić. W przypadku zaistnienia przesłanek do obliczenia podstawy opodatkowania podatkiem minimalnym podatnikowi będzie przysługiwało prawo do obniżenia tej podstawy o kwotę ulgi B+R dotyczącej roku bieżącego oraz (stosownie do art. 18d ust. 8 ustawy CIT) o nieodliczone jeszcze kwoty ulgi B+R z sześciu wcześniejszych lat podatkowych, łącznie do kwoty nieprzekraczającej podstawy opodatkowania podatkiem minimalnym. Potwierdza to m.in. interpretacja Dyrektora KIS z 21 lutego 2025 r., sygn. 0114-KDIP2-1.4010.32.2025.1.AZ.

Kwota podstawy opodatkowania podatkiem minimalnym w danym roku podatkowym wyznacza górną granicę odliczenia przysługującego podatnikowi z tytułu ulgi B+R z roku bieżącego oraz nieodliczonej ulgi B+R z wcześniejszych lat podatkowych. Warto też sprawdzić czy za 2024 rok spółka płaciła już podatek minimalny. Jeśli tak, to w 2025 roku może obniżyć podatek dochodowy o 1/3 kwoty zapłaconego za 2024 rok podatku minimalnego.