Kontrola PIP i późniejsze ustalenie w drodze decyzji istnienia stosunku pracy będzie oznaczało, że źródłem przychodów osoby, w stosunku do której została wydana taka decyzja, od dnia jej wydania, jest stosunek pracy, a nie np. pozarolnicza działalność gospodarcza, czy działalność wykonywana osobiście. Osoba taka będzie zatem obowiązana do skorygowania dotychczasowych rozliczeń w podatku PIT, za okres objęty decyzją stwierdzającą istnienie stosunku pracy. Wejście w życie z dniem 8 lipca br. nowelizacji ustawy o PIP powoduje zmiany w procedurze ustalenia istnienia stosunku pracy, natomiast nie zmienia przepisów w zakresie podatku PIT stosowanych dotychczas w takich przypadkach.

Sposób rozliczenia osoby, w stosunku do której została wydana decyzja ustalająca istnienie stosunku pracy, będzie następował zawsze w konkretnym stanie faktycznym. Ewentualna odpowiedzialność karna skarbowa np. z tytułu wystawienia faktury nieodzwierciedlającej rzeczywistych zdarzeń gospodarczych w sytuacji, gdy dany rodzaj współpracy pomiędzy stronami zostałby wstecznie uznany przez PIP za stosunek pracy, będzie każdorazowo uzależniona od okoliczności faktycznych i prawnych, a w szczególności od celu danego ukształtowania współpracy z obejściem instytucji z Kodeksu pracy. Co ważne, podstawą do oceny prawno-karnej pod kątem odpowiedzialności z kks powinno być prawomocne rozstrzygnięcie uprawnionych organów co do stosunku pracy.

Czy podatki zapłacone z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej zostaną zaliczone na poczet podatku dochodowego od osób fizycznych, które powinien odprowadzić pracownik? Jeżeli w wyniku weryfikacji rozliczeń zostaje u podatnika ujawniona z jednego tytułu nadpłata a z innego – zaległość podatkowa, to ta nadpłata podlega z urzędu zaliczeniu na poczet zaległości wraz z odsetkami za zwłokę. W sprawach zaliczenia nadpłaty na poczet zaległych zobowiązań podatkowych, organ podatkowy, na wniosek podatnika, wydaje postanowienie, na które służy zażalenie (art. 76 § 1 i art. 76a §1 ustawy Ordynacja podatkowa).

Kto odpowiada za wyrównanie wpłat z tytułu podatku dochodowego od osób fizycznych- pracownik czy pracodawca? Minister Finansów w odpowiedzi na pytania dziennikarzy (ID informacji 699392 na stronie eureka.mf.gov.pl z 6 lipca 2026r.) wskazuje, że na podstawie art. 26a §1 Ordynacji podatkowej podatnik nie ponosi odpowiedzialności z tytułu zaniżenia lub nieujawnienia przez płatnika podstawy opodatkowania m. in. z tytułu przychodów ze stosunku pracy – do wysokości zaliczki, do której pobrania zobowiązany jest płatnik. Z kolei płatnik, który nie wykonał obowiązku obliczenia, pobrania i wpłacenia podatku, odpowiada za podatek niepobrany lub podatek pobrany a niewpłacony.

Organ podatkowy wydaje decyzję o odpowiedzialności podatkowej płatnika, w której określa wysokość należności z tytułu niepobranego lub pobranego, a niewpłaconego podatku (art. 30 §1 i 4 Ordynacji podatkowej). Odsetki za zwłokę są naliczane od dnia następującego po dniu upływu terminu, w którym płatnik był obowiązany dokonać wpłaty podatku na rachunek organu podatkowego. Obowiązek naliczenia tych odsetek spoczywa na płatniku (art. 53 §3 i 4 Ordynacji podatkowej). Podsumowując w najgorszej sytuacji będzie płatnik, który będzie miał znacznie wyższe obciążenia podatkowe w wyniku wydania decyzji PIP.