Fundacje rodzinne jako podatnicy CIT będą miały obowiązek przesyłania dokumentacji w postaci elektronicznej tzw. JPK CIT do urzędu skarbowego. Istnieją fundacje rodzinne, które ten obowiązek będą musiały realizować już od 2025 roku ze względu na przekroczenie limitu przychodów za 2024 rok.

Minister Finansów w odpowiedzi z 4 listopada 2025 r. na interpelację poselską nr 13055 wskazał, iż do limitu 50 mln euro określonego w art. 66 ust. 2 pkt 1 lit b ustawy z dnia 29.10.2021 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. 2021 poz. 2105) wlicza się także przychody zwolnione na podstawie art. 6 ust. 1 pkt. 25 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych osiągane przez fundacje rodzinne, np. z tytułu zbywania mienia czy najmu i dzierżawy. Brak ustawowej definicji przychodu na gruncie ustawy zmieniającej świadczy o zamiarze uwzględnienia w ramach tej regulacji wszystkich kategorii przychodów podatkowych, które zostały uzyskane w danym roku podatkowym.

Jeśli fundacja rodzinna nie przekracza limitu przychodów, wówczas po raz pierwszy wysyła pliki JPK CIT (JPK KR PD) za 2026 rok. Większość fundacji rodzinnych w prowadzonych działalnościach korzysta ze zwolnienia podatkowego i składa CIT-8FR, a więc najważniejszym zadaniem będzie dla nich przypisanie znaczników do kont bilansowych i wynikowych. Znaczniki podatkowe nie będą występowały, jeśli nie prowadzi działalności objętej stawką 19% i 25%, w których mogłyby występować różnice przejściowe i trwałe między ujęciem podatkowym i rachunkowym zdarzeń gospodarczych.

Dugi plik, który fundacja rodzinna będzie składać do urzędu skarbowego, to JPK ŚT KR, który będzie wskazywał na posiadane środki trwałe i wartości niematerialne. Większość fundacji w momencie ich tworzenia otrzymuje wnoszone przez fundatora nieruchomości i ruchomości, które spełniają definicję środka trwałego, wprowadza je do ewidencji i rozpoczyna amortyzację. Jeśli fundacja rodzinna nie wykonuje czynności opodatkowanych (tzn. korzysta ze zwolnienia z CIT), to jedyną amortyzację, którą stosuje, jest amortyzacja rachunkowa.

W JPK ŚT KR są odrębne kolumny do wpisania wartości początkowej środka trwałego/WNiP podatkowej (kolumna E12) i osobno wartości początkowej rachunkowej (E21). Możliwa jest jednak sytuacja, gdy fundacja rodzinna świadcząc np. usług najmu dla podmiotu powiązanego musi opodatkowywać dochód stawką 19% i wówczas pojawi się amortyzacja podatkowa nieruchomości przeznaczonych pod najem w zakresie lokali użytkowych.

Część aktywów trwałych fundacji rodzinnych to inwestycje a nie środki trwałe, więc one nie będą podlegać wykazywaniu w strukturze JPK ŚT KR. Będą wymagać jedynie wprowadzenia znaczników do wygenerowania struktury JPK KR PD.