Towarowe transakcje zagraniczne związane z rozliczeniem podatku VAT oprócz faktur wymagają posiadania kompletu dokumentów uzupełniających, tak aby móc zastosować preferencyjną zerową stawkę VAT. Zgodnie z obecnie obowiązującymi regulacjami prawnymi na podstawie art. 112 ustawy VAT, podmiot jest obowiązany do przechowywania dokumentów transakcyjnych – takich jak np. listy przewozowe czy zgłoszenia celne do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Ani przepisy regulujące rozliczenie podatku VAT z tytułu importu towarów na podstawie art. 33a ustawy jak również przepisy dotyczące prawa do odliczenia podatku z tytułu importu towarów, na podstawie art. 86 ust. 1 i art. 86 ust. 2 pkt 2 ustawy a także przepisy regulujące prawo do zastosowania stawki VAT w wysokości 0 % dla eksportu towarów nie określają formy dokumentów potwierdzających realizację przedmiotowych transakcji. Przepisy obowiązujące w tym zakresie nie uzależniają np. prawa do odliczenia podatku naliczonego z tytułu importu towarów lub zastosowania stawki 0 % dla eksportu towarów od posiadania oryginałów dokumentów w formie papierowej.

Skoro przepisy nie stanowią o ich formie, można przyjąć, że każda forma jest dopuszczalna, pod warunkiem, że autentyczność tych dokumentów została uprawdopodobniona. W dobie szeroko rozwiniętych technik komunikacji nie ma podstaw, aby odmawiać mocy dowodowej dokumentowi sporządzonemu w formie elektronicznej. Jeżeli są to dokumenty niebudzące wątpliwości co do ich autentyczności, mogą one stanowić dokument/dowód, o którym mowa w obowiązujących przepisach ustawy. Tym samym, każda forma dokumentu jest dopuszczalna pod warunkiem, że autentyczność i integralność z dokumentami źródłowymi została wystarczająco uprawdopodobniona. Obecnie powszechną praktyką organów podatkowych jest wezwanie w ramach czynności sprawdzających w VAT do przesłania mailowego dokumentów, bez weryfikacji wersji papierowej.

Jeśli, w większości przypadków, dokumenty gromadzone i przechowywane w związku z importem towarów (typu dokument SAD, komunikaty IE43, IE25, PW228 i PW229 oraz zgłoszenie celne ZC299) oraz dokumenty gromadzone i przechowywane w związku z eksportem towarów (dokument SAD, specyfikacja towaru (packing list), list przewozowy (CMR), komunikat IE529 oraz komunikat IE599), będą wytwarzane lub otrzymywane w formie elektronicznej, to przechowywanie dokumentów w formie elektronicznej nie może być samo w sobie podstawą do zakwestionowania realizacji praw i obowiązków w zakresie podatku VAT. Stanowisko to potwierdza m.in. interpretacja indywidualna Dyrektora KiS z dnia 21 czerwca 2024 r. 0114-KDIP1-2.4012.208.2024.2.RM.

Wszystkie powyższe dokumenty powinny zostać zapisane w formacie, który będzie umożliwiał zapoznanie się z treścią tego dokumentu i sporządzenie jego wydruku. Dokumenty muszą być przechowywane w formacie, który co do zasady uniemożliwia ingerencję w treść tego dokumentu, co najmniej do czasu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Szczegółowe zasady wykonywania tych czynności powinna określać procedura obowiązująca u podatnika, która podlega okresowej aktualizacji.. Dokument w formie papierowej może zostać zniszczony dopiero po zweryfikowaniu, że dokument w formie elektronicznej w całości odzwierciedla treść dokumentu w formie papierowej oraz po ujęciu go do celów podatkowych.