Podatnicy posiadający w majątku trwałym nieruchomości decydują się niekiedy na wyodrębnienie z nich lokali użytkowych lub mieszkalnych, które będą posiadać odrębne księgi wieczyste. Właściciel nieruchomości może ustanawiać odrębną własność lokali dla siebie, na mocy jednostronnej czynności prawnej.

Wyodrębnienie lokalu w budynku traktowane jest jako wycofanie części składowej środka trwałego i nie wywołuje skutków wstecz, a jedynie od momentu powstania tego zdarzenia. Dla wycofania wyodrębnionej części z całości środka trwałego należałoby zastosować przepisy właściwe dla odłączenia danej części od środka trwałego, tj. przepisu art. 22g ust. 20 ustawy PIT. W myśl tego przepisu odłączenie części składowej danego środka trwałego powoduje konieczność zmniejszenia wartości początkowej tego środka od następnego miesiąca po miesiącu, w którym nastąpiło odłączenie. Wartość tą ustala się jako różnicę między ceną nabycia (kosztem wytworzenia) odłączonej części a przypadającą na nią, w okresie połączenia, sumą odpisów amortyzacyjnych obliczoną przy zastosowaniu metody amortyzacji i stawki amortyzacyjnej stosowanej przy obliczaniu odpisów amortyzacyjnych tego środka trwałego.

Wątpliwości może budzić wybór stawki amortyzacyjnej do wyodrębnionego z nieruchomości lokalu. W piśmie z 18.01.2018 r. (0114-KDIP3-1.4011.437.2017.1.KS) Dyrektor KIS stwierdził, że podział nieruchomości i wyodrębnienie lokali nie są równoznaczne z wytworzeniem nowych lokali, które nie były do tej pory wykorzystywane. Prawne wyodrębnienie lokali nie powoduje, że momentem nabycia lokalu jest chwila ustanowienia odrębnej własności lokalu czy założenia księgi wieczystej, o ile w wyniku ustanowienia odrębnej własności nie nastąpiło zwiększenie dotychczasowego stanu posiadania (Dyrektor KIS w interpretacji z 16 czerwca 2023 r., sygn. 0115-KDIT2.4011.130.2023.3.ŁS). Jednak nie jest możliwe uznanie lokalu niemieszkalnego/użytkowego za używany środek trwały i ustalenie indywidualnej stawki amortyzacyjnej dla lokalu niemieszkalnego/użytkowego, jeżeli przed ulepszeniem był to lokal mieszkalny, a powstały na jego bazie lokal użytkowy, jako środek trwały, przyjęty został do używania dopiero po przeprowadzeniu niezbędnych prac adaptacyjnych (Wyrok WSA w Szczecinie z 25.02.2016 r., I SA/Sz 1291/15).

Natomiast, w przypadku przewagi powierzchni lokali użytkowych ponad 50% nad lokalami mieszkalnymi, niewyodrębnionymi i znajdującymi się w jednym budynku sklasyfikowanym jako handlowo-usługowy – odpisów amortyzacyjnych dokonuje się od wartości początkowej całego budynku i zalicza się je do kosztów uzyskania przychodów. Stanowisko takie potwierdził DKIS w interpretacji z dnia 28.04.2023 r. o nr 0115-KDIT3.4011.278.2023.2.AD.

Jeśli więc w akcie notarialnym nabycia nieruchomości nie wyodrębniono wartości poszczególnych składników majątku, to wartość każdego z nich jednostka ustalić może we własnym zakresie, na przykład na podstawie opinii rzeczoznawcy majątkowego. W przypadku gdy ustalona przez rzeczoznawcę cena rynkowa poszczególnych składników po ich zsumowaniu będzie się różnić od wartości łącznej określonej w akcie notarialnym, należy ustalić procentowy stosunek wartości gruntu w ogólnej wartości nieruchomości oraz procentowy stosunek wartości lokalu w ogólnej wartości nieruchomości. Następnie ustalone procentowe wskaźniki stosuje się do ustalenia wartości gruntu i lokalu w odniesieniu do wartości w akcie notarialnym. Suma wartości poszczególnych składników musi być zgodna z ceną nabycia wynikającą z aktu notarialnego.