Rada UE w dniu 27 maja 2025 r. wydała rozporządzenie 2025/1106 ustanawiające Instrument na rzecz Zwiększenia Bezpieczeństwa Europy („instrument SAFE”). Pierwsze środki z SAFE powinny pojawić się w Polsce już w kwietniu, a to oznacza rozpoczęcie ich rozliczania i właściwe ujęcie podatkowe, w szczególności podatku VAT. Ministerstwo Finansów w kwietniu w odpowiedzi na pytania dziennikarzy potwierdziło możliwość zwolnienia z VAT dostaw w ramach umów z SAFE. (ID informacji 686295 z 10 kwietnia 2026 r.).

Zgodnie z art. 20 ust. 1 rozporządzenia SAFE dostawy, wewnątrzwspólnotowe nabycia i import produktów związanych z obronnością lub innych produktów do celów obronnych dokonywane w ramach umów wynikających z zamówień wspieranych ze środków instrumentu SAFE są zwolnione od podatku od wartości dodanej (VAT) mającego zastosowanie na mocy dyrektywy 2006/112/WE. Jest to zwolnienie z prawem do odliczenia VAT zapłaconego na poprzednim etapie. Gdy umowa zakupu uzbrojenia jest finansowana z kilku źródeł, to zwolnienie obejmuje jedynie zakupy finansowane środkami pochodzącymi z udzielonej pożyczki w ramach instrumentu SAFE. Sposób wzajemnych rozliczeń między dostawcą a nabywcą produktów obronnych pozostaje w gestii stron umowy.

Zwolnieniem od VAT objęte są dostawy finansowane ze środków SAFE. Nie ma przy tym znaczenia sposób realizacji wypłaty środków z udzielonej przez Unię Europejską pożyczki. W przypadku gdy wydatki na zakup produktów związanych z obronnością lub innych produktów do celów obronnych objętych wsparciem instrumentu SAFE będą realizowane ze środków krajowych, a dopiero później będą refinansowane ze środków pożyczki udzielonej Polsce przez Unię, spełnione będą warunki zwolnienia od VAT. Finalnie zakupy te są finansowane środkami z instrumentu SAFE.

Dla takiej dostawy/zaliczki możliwe będzie zastosowanie zwolnienia w momencie jej dokonania/otrzymania, pod warunkiem posiadania odpowiednio wypełnionego i opieczętowanego tzw. świadectwa zwolnienia, potwierdzającego, że dana dostawa objęta jest wsparciem (jest finalnie finansowana) w ramach instrumentu SAFE. Wzór świadectwa zwolnienia z VAT został określony w załączniku do rozporządzenia SAFE.

Natomiast w przypadku uzyskania świadectwa zwolnienia z VAT już po dokonaniu dostawy czy otrzymaniu zaliczki i po rozliczeniu podatku na ogólnych zasadach (przy zastosowaniu właściwej stawki VAT), możliwe jest zastosowanie zwolnienia od VAT poprzez dokonanie odpowiedniej korekty JPK. Jeżeli w wyniku korekty rozliczenia przysługiwał będzie zwrot VAT, zostanie on przekazany podatnikowi, który złożył to rozliczenie (w JPK_VAT), zgodnie z zasadami zawartymi w art. 87 ustawy o VAT.