Podatnicy, którzy zdecydowali się na stosowanie nowego systemu i wystawiają faktury ustrukturyzowane w trybie fakultatywnym najczęściej poinformowali wcześniej swoich klientów o zmianie w sposobie wystawienia faktury i stosowaniu podwójnej numeracji (numer z programu wewnętrznego i nr KseF). Nie ma jednak obowiązku ustawowego, żeby zawiadamiać nabywców, jeśli fakturę po wprowadzeniu do KSeF sprzedawca pobierze i wyśle w formie mailowej lub po wydruku w wersji papierowej.

Natomiast, procedura akceptacji treści faktury przed jej wystawieniem jest określana w umowie dotyczącej samofakturowania. Ustawa o podatku od towarów i usług nie narzuca konkretnych rozwiązań w tym zakresie. Ministerstwo Finansów na stronie eureka.mf.gov.pl (ID informacji: 579509) wskazało, że potwierdzenie prawidłowości, wystawianej przez nabywcę, w imieniu i na rzecz sprzedawcy faktury na podstawie art. 106d ust. 1 ustawy, powinno nastąpić bezpośrednio przed jej wprowadzeniem do obrotu prawnego (tj. przed przesłaniem pliku xml do KSeF).

Akceptacja może przybrać formę aktywną (np. przesłanie drogą mailową zastrzeżeń lub uwag do zaproponowanej przez nabywcę treści pliku xml przed przesłaniem go do KSeF bądź informację mailowa o braku zastrzeżeń) lub bierną (np. brak zgłoszenia uwag w danym terminie oznacza akceptację zaproponowanej treści pliku xml). W przypadku, gdy sprzedawca nie zgodzi się z treścią przygotowanego przez nabywcę pliku xml, nie ma przeszkód, aby plik ten został poprawiony i dopiero w takiej postaci przesłany przez nabywcę do Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF).

W przypadku transakcji realizowanych w ramach samofakturowania z kontrahentami zagranicznymi należy więc w pierwszej kolejności ustalić czy faktura wystawiana będzie na podstawie polskich czy zagranicznych przepisów. Przykładowo, gdy podatnik polski dokona zakupu towaru od podatnika podatku od wartości dodanej w ramach wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, to faktura dokumentująca tego typu transakcję wystawiana przez nabywcę samofakturującego (podatnika polskiego) nie będzie wystawiana w oparciu o polskie przepisy. Tym samym nie będzie także podlegała obowiązkowemu e-fakturowaniu w KSeF. W efekcie nie będzie przeciwskazań, aby w takim przypadku przedsiębiorca polski, który wystawiając fakturę, korzystał z zagranicznej platformy – nadal taką praktykę stosował.

Po określeniu nowego terminu wdrożenia obowiązkowego KSeF, analizie zgłoszonych w trakcie konsultacji Ministerstwa Finansów z podatnikami uwag, możliwe będzie wprowadzenie modyfikacji lub uszczegółowienie znajdujących się w projekcie rozporządzenia zapisów wyłączających stosowanie KSeF (w tym, w przypadkach dotyczących samofakturowania w transakcjach realizowanych z udziałem kontrahentów zagranicznych, występujących w roli sprzedawcy). Aktualnie trwa analiza tego zagadnienia w Ministerstwie Finansów.

Natomiast, deklarowanie w ewidencjach JPK VAT sprzedawcy dokumentów, które są wystawiane w imieniu i na rzecz sprzedawców (np. przez nabywców towarów i usług), odbywa się na takich samych zasadach, jak ujmowanie faktur wystawianych we własnym zakresie przez tych podatników (sprzedawców). Dokumenty sporządzone w ramach samofakturowania, powinny być więc deklarowane ewidencjach VAT sprzedawcy, co do zasady w okresie rozliczeniowym, w którym powstał obowiązek podatkowy z tytułu zrealizowanego świadczenia, ze stosownymi oznaczeniami wymaganymi w ramach raportowania JPK_VAT.