Spółki na estońskim CIT, prowadzące działalność za granicą, mają obowiązek w wielu przypadkach utworzyć zakłady zagraniczne zgodnie z umowami międzynarodowymi. Co istotne, rozpoczynając prowadzenie działalności gospodarczej poprzez zakład zagraniczny spółka nie utraci prawa do opodatkowania estońskim CIT stosownie do treści art. 28l ust. 1 ustawy o CIT. Nadal pozostanie spełniony warunek, o którym mowa w art. 28j ust. 1 pkt 5 ustawy o CIT- tzn. brak posiadania udziałów czy akcji w innych spółkach. Stanowisko to potwierdza m.in. Dyrektor KiS w interpretacji z 28 marca 2025 r., sygn. 0114-KDIP2-2.4010.48.2025.1.AP.

W tym przypadku, spółka na estońskim CIT musi również pamiętać o przygotowaniu struktury JPK KR PD z uwzględnieniem transakcji oddziałów zagranicznych. Zagraniczny oddział nie jest odrębnym od jednostki macierzystej podmiotem, stanowi jedynie wyodrębnioną organizacyjnie i majątkowo część firmy. Spółka na estońskim CIT i oddział, poprzez który prowadzi ona działalność za granicą, są traktowane jako jeden podmiot. Oddział nie ma możliwości prowadzenia działalności gospodarczej we własnym imieniu i na własny rachunek, a prowadzona przez oddział działalność stanowi jedynie część działalności gospodarczej przedsiębiorcy.

Podmiotem obowiązanym do prowadzenia ksiąg rachunkowych, również w zakresie zagranicznych oddziałów, jest wówczas spółka. Tym samym na spółce ciążą obowiązki wynikające z art. 9 ust.1c ustawy o CIT, czyli prowadzenie ksiąg przy użyciu programów komputerowych oraz przesyłanie właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego po zakończeniu roku podatkowego struktury JPK, także w odniesieniu do zagranicznych oddziałów spółki.

W przypadku składania przez spółkę deklaracji CIT-8E w części B.3 należy odpowiedzieć na pytania czy spółka osiągnęła w roku podatkowym przychody (dochody) z działalności prowadzonej poza terytorium Polski za pośrednictwem zagranicznego zakładu oraz czy spółka osiągnęła w roku podatkowym przychody (dochody) poza terytorium Polski wyłączone lub wolne od podatku na podstawie umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania lub innej umowy międzynarodowej, inne niż za pośrednictwem zagranicznego zakładu.

Natomiast w części D.1 deklaracji dotyczącej dochodu z tytułu podzielonego zysku i dochodu z tytułu zysku przeznaczonego na pokrycie strat, spółka wskazuje wysokość podatku zapłaconego za granicą zgodnie z art. 28p ust. 1 i 2 ustawy. Odliczenie z tytułu podatku zapłaconego za granicą zgodnie z art. 28p ust. 1 i 2 ustawy CIT nie może przekroczyć tej części ryczałtu obliczonego przed dokonaniem odliczenia, która proporcjonalnie przypada na przychód (dochód) uzyskany w obcym państwie. Jeżeli dochód stanowiący podstawę opodatkowania nie odpowiada pełnej wysokości zysku netto osiągniętego za rok podatkowy, odliczenia tego dokonuje się proporcjonalnie do udziału tego dochodu w zysku netto.

Niezmiennie w polskim systemie podatkowym spółka na estońskim CIT płaci podatek w wysokości 10% (jeśli jest małym podatnikiem) lub 20% w pozostałych przypadkach.