Podatnicy, którzy dokonują płatności na rzecz nierezydentów-podmiotów powiązanych muszą w trakcie roku sprawdzać, czy transakcje związane z wypłatami przekroczą 2 mln zł. Wypłaty objęte tym limitem mogą dotyczyć dywidendy oraz należności licencyjnych. Część podatników decyduje się na uzyskanie od Szefa KAS opinii o możliwości stosowania preferencji. Jednak tutaj muszą wystąpić o nią odpowiednio wcześniej przed dokonywaną transakcją. Opinię o stosowaniu preferencji organ podatkowy wydaje bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 6 miesięcy od dnia wpływu wniosku do organu podatkowego. Wnioski o wydanie opinii o stosowaniu preferencji składane są w postaci elektronicznej.

Przepisy art. 26 ust. 2g ustawy o CIT dopuszczają możliwość zastosowania preferencyjnej stawki podatkowej (wynikającej z umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania) lub zwolnienia, pomimo przekroczenia progu 2 000 000 zł, jeżeli wypłacający należności posiada obowiązującą opinię właściwego organu podatkowego wydaną na podstawie art. 26b ustawy o CIT. Organy podatkowe potwierdzają (m.in. Dyrektor KiS w interpretacji z 10 stycznia 2024 roku, sygn. 0114-KDIP2-1.4010.654.2023.1.DK), że wypłacane na rzecz nierezydenta należności z tytułów objętych opinią, nie są brane pod uwagę przy ustaleniu limitu 2 000 000 zł, po przekroczeniu którego płatnik zobowiązany jest do pobrania podatku u źródła według stawki podatku określonej w art. 21 ust. 1 pkt 1 lub art. 22 ust. 1 ustawy o CIT.

W przyszłości podatnik może dokonywać płatności, które będą objęte wydaną opinią o stosowaniu preferencji, jak również może dokonywać płatności, które nie są objęte tą opinią, ale które są objęte regulacją zawartą w art. 26 ust. 2e ustawy o CIT (czyli będą kalkulowane do progu 2 mln zł). Podatnik może dysponować więcej niż jedną opinią o stosowaniu preferencji, np. opinią o stosowaniu preferencji w zakresie płatności dywidendowych oraz opinią o stosowaniu preferencji w zakresie płatności należności licencyjnych.

Zgodnie z art. 26b ust. 7 pkt 1 ustawy CIT opinia o stosowaniu preferencji wygasa z upływem 36 miesięcy od dnia jej wydania. Może więc nastąpić sytuacja, że ochrona wynikająca z posiadanej opinii wygaśnie w trakcie roku i podatnik musi monitorować do pozostałej części roku, czy nie przekroczył progu 2 mln zł. Jeżeli chodzi o zakres stosowania opinii, dotyczy ona wyłącznie wskazanych w niej umów i wypłat dokonanych na ich podstawie. Gdy podatnik podpisze kolejne umowy licencyjne czy pożyczkowe, dla których nie została wydana opinia, to do takich wypłat nie może mieć zastosowana preferencja na podstawie takiej opinii.

Natomiast w przypadku weryfikacji możliwości stosowania niższej stawki podatku do transakcji nie objętych opinią o stosowaniu preferencji lub po jej wygaśnięciu, polski podatnik powinien dokonać:

1. weryfikacji statusu kontrahenta – podmiotu powiązanego jako podatnika (rzeczywistego właściciela) w stosunku do otrzymanej należności, w tym poprzez pryzmat prowadzenia rzeczywistej działalności gospodarczej przez ten podmiot;

2. weryfikacji rezydencji podatkowej odbiorcy należności i otrzymać aktualny wydany przez organ administracji podatkowej kraju nierezydenta-certyfikat jego rezydencji podatkowej;

3. weryfikacji otrzymanych dokumentów pod kątem ich zgodności ze stanem faktycznym (w tym na podstawie informacji dostępnych publicznie).

Na tej podstawie polski podatnik dokonuje wyboru stawki podatku i wykazuje transakcje w informacji IFT-2 składanej do Lubelskiego Urzędu Skarbowego.