Prawodawca przyjął pewną gradację metod ustalania wartości początkowej środków trwałych nabytych przez podatnika. Zasadnicze znaczenie dla sposobu ustalenia wartości początkowej środka trwałego ma sposób wejścia w jego posiadanie. Przy czym do podstawowych metod ustalenia wartości początkowej ustawodawca zalicza przyjęcie ceny nabycia-w przypadku zakupu środka trwałego, lub kosztu wytworzenia-w przypadku wytworzenia we własnym zakresie.

Ustalenie wartości początkowej środka trwałego w drodze wyceny dokonanej przez biegłego, ma charakter wyjątku od zasady ogólnej ustalania tej wartości na podstawie rzeczywistych, udokumentowanych wydatków na nabycie lub wytworzenie środka trwałego. Jako wyjątek może być on stosowany wyłącznie w ustawowo określonych sytuacjach tj. wtedy, gdy ustalenie rzeczywistej wysokości wydatków na podstawie posiadanej dokumentacji nie jest możliwe z przyczyn obiektywnych.

Dyrektor KiS w interpretacji z 7 maja 2024 r., nr 0115-KDIT3.4011.294.2024.1.JS stwierdził, że możliwość ustalenia wartości początkowej środka trwałego (np. nieruchomości) poprzez wycenę dokonaną przez podatnika dotyczy jedynie przypadków, w których środek trwały został nabyty przed dniem założenia ewidencji środków trwałych oraz brak jest możliwości ustalenia tej wartości na podstawie dowodów zakupu. Regulacje w tym zakresie nie mają jednak służyć podnoszeniu rynkowej wartości nieruchomości dzięki odwołaniu się do ich aktualnych cen na rynku nieruchomości.

Przykładowo, podatnik zakupił na własne potrzeby mieszkaniowe na mocy aktu notarialnego lokal mieszkalny do tzw. generalnego remontu i z uwagi na zły stan techniczny dokonał znaczących ingerencji, w tym przeprowadził remont generalny lokalu. Zapłata za powyższe usługi, jak również za materiały niezbędne do ich realizacji miała charakter w większości gotówkowy, a podatnik nie zachował wszystkich paragonów i faktur, ponieważ po upływie okresu gwarancji zakupionych materiałów, a także prac usługowych związanych z wykończeniem lokalu, nie były one potrzebne (jeśli w tamtym czasie nie miał planów wprowadzenia lokalu do działalności gospodarczej).

Pamiętać trzeba, że wydatki na ulepszenie środka trwałego to wydatki poniesione w danym roku podatkowym na jego przebudowę, rozbudowę, rekonstrukcję, adaptację lub modernizację, których suma przekracza 10 000 zł i wydatki te powodują wzrost wartości użytkowej w stosunku do wartości z dnia przyjęcia środków trwałych do używania, mierzonej w szczególności okresem używania, zdolnością wytwórczą, jakością produktów uzyskiwanych za pomocą ulepszonych środków trwałych i kosztami ich eksploatacji.

W sytuacji, gdy podatnik nie posiada dokumentów potwierdzających poniesienie wydatków na wykończenie, remont i modernizację i nie jest możliwe ustalenie tej wartości, to w tej części wartość początkową może ustalić zgodnie z art. 19 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Wartość rynkową rzeczy lub praw majątkowych określa się na podstawie cen rynkowych stosowanych w obrocie rzeczami lub prawami tego samego rodzaju i gatunku, z uwzględnieniem w szczególności ich stanu i stopnia zużycia oraz czasu i miejsca odpłatnego zbycia – art. 19 ust. 3 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Jednak, wartość ta nie może uwzględniać wydatków na nabycie gruntu (udziału w gruncie), bowiem grunt stanowi odrębny, niepodlegający amortyzacji środek trwały.