Zapomogi wypłacane pracownikom w większości przypadków mogą być zwolnione z opodatkowania podatkiem dochodowym w całości lub częściowo, zależnie od tego, z jakich środków są finansowane (obrotowe czy ZFŚS). To czy dana zapomoga podlega opodatkowaniu, uzależnione jest również od przyczyny będącej podstawą jej wypłaty.

Natomiast, częstotliwość dokonywanych wypłat w ramach jednorazowo przyznanej zapomogi pozostaje bez wpływu na zastosowanie zwolnienia w podatku dochodowym od osób fizycznych, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 26 lit. a ustawy.

Regulacje prawne nie wykluczają udzielania zapomogi przez określony czas (np. kilka miesięcy) w zależności od potrzeb bytowych i materialnych uprawnionych osób oraz zgodnie z zasadami gospodarowania ZFSŚ (wskazuje na to m.in. wyrok SA w Szczecinie z 8 października 2015 r., sygn. akt III AUa 997/14). Decyzja o okresowości zapomogi lub jej wypłacie więcej niż jeden raz bez zachowania stałej częstotliwości należy do pracodawcy jako administratora środków funduszu, który dokonując wypłat z tytułu przyznanych zapomóg każdorazowo powinien przestrzegać przepisów ustawowych i wewnątrzzakładowych (zwłaszcza kryterium socjalnego).

Zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 26 lit. a ustawy o PIT zwolnieniu podlegają zapomogi otrzymane w przypadku długotrwałej choroby, przy spełnieniu warunków określonych w tym przepisie. W sytuacji, gdy pracodawca przyznał pracownikowi jedną zapomogę w określonej wysokości na podstawie jednego wniosku i jednej decyzji, ale wypłata nastąpi w kilku transzach, każda z transz stanowi wykonanie tej samej decyzji o przyznaniu zapomogi. Nie dochodzi do przyznania kolejnych, odrębnych zapomóg, lecz do sukcesywnej realizacji jednego świadczenia.

Przepis art. 21 ust. 1 pkt 26 lit. a ustawy o PIT nie reguluje sposobu wypłaty zapomogi, lecz określa wyłącznie przesłanki jej zwolnienia. W związku z tym wypłacane części z przyznanej jednorazowej zapomogi z tytułu długotrwałej choroby będą korzystać ze zwolnienia na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 26 lit. a ustawy o PIT. Wskazuje na to m.in. interpretacja Dyrektora KiS z 3 września 2026r., sygn. 0114-KDWP.4011.367.2026.1.ASZ.

Jeśli zaś, zapomoga jest finansowana ze środków obrotowych może być kosztem uzyskania przychodu. Przykładowo, zapomoga wypłacona pracownikowi w postaci jednorazowej bezzwrotnej pomocy finansowej przeznaczonej na leczenie i rehabilitację. Pracownik uległ wcześniej wypadkowi drogowemu w wyniku, którego stan zdrowia uniemożliwia mu podjęcie pracy.

Zapomogi wypłacane ze środków obrotowych jednostki lub ze środków ZFŚS, do których nie mają zastosowania przepisy art. 21 ust. 1 pkt 26 oraz pkt 67 ustawy PIT, podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym bez względu na wysokość otrzymanej zapomogi. W takim przypadku pracodawca dolicza kwotę zapomogi do przychodów pracownika ze stosunku pracy uzyskanych w danym miesiącu i od łącznej kwoty pobiera miesięczną zaliczkę na podatek dochodowy.