W obrocie gospodarczym zdarzają się sytuacje, że klienci zagraniczni zmieniają decyzje w zakresie wywozu towaru co do adresu jego dostarczenia, tj. w wyniku zmiany polska firma ma wywieźć towar do oddziału w UE, a nie traktować jak pierwotnie w ustaleniach z klientem jako eksport do kraju trzeciego. Następuje wówczas zmiana kwalifikacji dokonanej dostawy z eksportu towaru na WDT albo dostawę krajową (jeśli nie zostaną spełnione warunki uznania dostawy za WDT).

W tej sytuacji, jeśli klient wpłacił zaliczkę na poczet eksportu towarów i dokonuje zmiany na WDT, należy dokonać korekty faktury zaliczkowej zmniejszającej zaliczkowany eksport towarów. Następnie należy dokonać korekty JPK, w którym została wykazana zaliczka. Przyporządkowanie zaliczki do WDT nie spowoduje powstania obowiązku podatkowego w podatku VAT zgodnie z art. 106b ust.3 pkt.1a lit. b ustawy VAT.

Po wejściu podatnika do obowiązkowego KSeF, w tym przypadku będzie trzeba wystawić fakturę korygującą eksportową fakturę zaliczkową w programie do fakturowania, wprowadzić do KSeF a następnie pobrać i przesłać do klienta, umieszczając na niej kod QR. Finalnie po dokonaniu dostawy podatnik musi wystawić fakturę WDT (również umieszczając na niej kod QR) i pobrać z KSeF tak, aby dostarczyć klientowi zagranicznemu.

W przypadku, kiedy klient spoza UE nie działa w charakterze podatnika na terytorium UE, to nie można mówić o WDT z Polski. Będzie to dostawa towarów wysyłanych, opodatkowana w miejscu rozpoczęcia wysyłki towarów, czyli w Polsce, ale ze względu na status podatkowy nabywcy nie można przyjąć, że jest to WDT. W tej sytuacji należy opodatkować dostawę stawką krajową. Znajdzie tu zastosowanie art. 22 ust. 1 pkt 1 ustawy VAT. Tylko w sytuacji, gdy podmiot z kraju trzeciego byłby podatnikiem podatku od wartości dodanej zarejestrowanym lub zobowiązanym do dokonania takiej rejestracji na terenie UE, z punktu widzenia polskiego sprzedawcy po spełnieniu pozostałych warunków przewidzianych w ustawie (m.in. posiadaniu dowodów przemieszczenia towaru do innego kraju członkowskiego), dostawa mogłaby być uznana za wewnątrzwspólnotową z możliwością zastosowania 0% stawki VAT.

Bardziej problematyczna jest sytuacja odwrotna – klient rezygnuje z wywozu do innego kraju na terenie UE i decyduje się na wywóz poza teren UE w ramach eksportu. Wówczas, jeśli wpłacił zaliczkę, to nie jest ona już neutralna jak przy WDT i należy skorygować deklarację JPK i wykazać zaliczkę ze stawką 0% (przy założeniu, że towar zostanie wywieziony z Polski w ciągu 6 miesięcy od wpływu zaliczki). Należy również wystawić fakturę zaliczkową do wpłaty, ryzykując już wówczas wystawieniem jej po terminie, wskutek zmiany decyzji klienta.

Ważnym elementem powinno być ustalenie, czy wysyłany jest jeden towar, ale w kilku częściach i dopiero dostarczenie ostatniego elementu finalizuje dostawę danego towaru (np. sprzedajemy maszynę, którą wysyłamy w częściach), czy też wysyłamy np. 50 szt. takiego samego towaru, ale w partiach. W pierwszym przypadku dostawa ostatniego elementu będzie oznaczała dostawę towaru, a w drugim dostawa każdej partii towaru będzie oznaczała dostawę towaru.

Po wejściu do obowiązkowego KSeF w tym przypadku będzie trzeba wystawić fakturę zaliczkową w programie do fakturowania, wprowadzić do KSeF, a następnie pobrać i przesłać do klienta umieszczając na niej kod QR. Finalnie po dokonaniu dostawy podatnik musi wystawić fakturę eksportową końcową ze wskazaniem numeru wcześniej wystawionej faktury zaliczkowej – również umieszczając na niej kod QR i pobierając z KSeF tak, aby dostarczyć klientowi zagranicznemu. Opisanych sytuacji w zakresie zmian decyzji klienta powinno się unikać, gdyż wywołują konieczność korekt faktur i JPK.