Rozliczając podatki dochodowe wiele firm korzysta z ulgi badawczo-rozwojowej ze względu na wykonywane prace rozwojowe i badawcze. Koszty prac rozwojowych mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów (art. 15 ust. 4a ustawy CIT) na trzy sposoby:

1) bezpośrednio w koszty, w miesiącu, w którym zostały poniesione albo począwszy od tego miesiąca w równych częściach w okresie nie dłuższym niż 12 miesięcy,
2) bezpośrednio w koszty, jednorazowo w roku podatkowym, w którym zostały zakończone,
3) poprzez odpisy amortyzacyjne (art. 16b ust. 2 pkt 3 ustawy CIT).

A więc, podatnicy mają wybór, co do sposobu zaliczania do kosztów uzyskania przychodów kosztów prac rozwojowych w rozliczeniu podatku dochodowego od osób prawnych.

Ustawa o rachunkowości nie definiuje zakresu przedmiotowego działalności badawczo-rozwojowej. Wskazuje ona jedynie, że do wartości niematerialnych i prawnych zalicza się m.in. koszty zakończonych prac rozwojowych (art. 3 ust. 1 pkt 14 u.o.r.), przy czym zakres tych prac nie został bliżej określony. Zgodnie z art. 33 ust. 2 i 3 ustawy – koszty zakończonych prac rozwojowych prowadzonych przez jednostkę na własne potrzeby, poniesione przed podjęciem produkcji lub zastosowaniem technologii, zalicza się do wartości niematerialnych i prawnych, jeżeli:

1) produkt lub technologia wytwarzania są ściśle ustalone, a dotyczące ich koszty prac rozwojowych wiarygodnie określone,
2) techniczna przydatność produktu lub technologii została stwierdzona i odpowiednio udokumentowana i na tej podstawie jednostka podjęła decyzję o wytwarzaniu tych produktów lub stosowaniu technologii,
3) koszty prac rozwojowych zostaną pokryte, według przewidywań, przychodami ze sprzedaży tych produktów lub zastosowania technologii.

Koszty zakończonych prac rozwojowych odpisuje się przez okres ekonomicznej użyteczności rezultatów prac rozwojowych. Jeżeli w wyjątkowych przypadkach nie można wiarygodnie oszacować okresu ekonomicznej użyteczności rezultatów zakończonych prac rozwojowych, to okres dokonywania odpisów nie może przekraczać 5 lat.

Przedsiębiorstwo powinno posiadać swoje wewnętrzne procedury w zakresie kwalifikacji prac badawczo-rozwojowych np. procedurę identyfikacji i realizacji projektów badawczo-rozwojowych. Kierownik Projektu B+R sporządza dokumentacje prowadzonego projektu badawczo-rozwojowego m.in. harmonogram projektu, raporty cząstkowe/końcowe, które stanowią podsumowanie danego etapu projektu, wykorzystanych środków i wniosków oraz omówienie wyników działalności B+R. Decyzje o rozpoczęciu projektu powinien podejmować kierownik jednostki, po skonsultowaniu się z kierownictwem B+R lub zewnętrznymi ekspertami. Decyzja zarządu o prowadzeniu projektu badawczego powinna uwzględniać m.in. takie kryteria, jak: nowość, innowacyjność rozwiązania, potencjalne korzyści z zastosowania projektu, nakłady firmy związane z wdrożeniem rozwiązania, a także cechy projektu badawczego tj.: czy istnieje niepewność w zakresie wyników badań, czy projekt posiada wyzwanie technologiczne oraz czy efekt badań stanowi nowość w odniesieniu do rynku, itp.

Wielu przedsiębiorców kwalifikuje zakończone prace badawczo-rozwojowe do ulgi BR. Należy jednak pamiętać o art. 18d ust. 5 ustawy CIT, który stanowi, że koszty kwalifikowane podlegają odliczeniu w ramach ulgi B+R jeżeli nie zostały podatnikowi zwrócone w jakiejkolwiek formie. Organy podatkowe w wydawanych interpretacjach, np. Dyrektor KIS z 11.01.2018 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.508.2017.1.MST wskazują, że jeśli podatnik sfinansował wydatki na prace badawczo-rozwojowe otrzymaną dotacją to – w tej części, której zostały pokryte tą dotacją – nie może dokonać odliczenia w ramach ulgi B+R.