Zmiana formy opodatkowania z zasad ogólnych na ryczałt bądź odwrotnie jest jeszcze w tym roku dla firmy możliwa, ale pozostało już niewiele czasu – zgłoszenie zmiany do urzędu skarbowego musi nastąpić do 20 lutego, czyli do 20 dnia miesiąca następującego po miesiącu osiągnięcia pierwszego przychodu w roku. Co innego w przypadku spółek kapitałowych – tu można przejść na estoński CIT w trakcie roku w dowolnym miesiącu.

W przypadku jednoosobowych działalności gospodarczych czy wspólników spółek osobowych przy przejściu z ryczałtu na zasady ogólne trzeba pamiętać, że zgodnie z art. 22n ust. 5 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, w razie zmiany formy opodatkowania podatnicy, zakładając ewidencję środków trwałych uwzględniają w niej odpisy amortyzacyjne przypadające za okres opodatkowania w formie zryczałtowanego podatku dochodowego. Odpisy amortyzacyjne za okres opodatkowania ryczałtem, a więc przed przejściem na tzw. zasady ogólne, nie stanowią kosztów uzyskania przychodu.

Natomiast art. 22h ust. 4 tej samej ustawy wskazuje, że podatnicy mogą dokonywać odpisów amortyzacyjnych w równych ratach co miesiąc albo w równych ratach co kwartał, albo jednorazowo na koniec roku podatkowego, z uwzględnieniem art. 22i, który dotyczy stawek amortyzacji. Co istotne w tym przypadku, suma odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych dokonanych w pierwszym roku podatkowym, w którym środki te zostały wprowadzone do ewidencji, nie może przekroczyć wartości tych odpisów przypadających za okres od wprowadzenia ich do ewidencji (wykazu środków trwałych) do końca tego roku podatkowego. W razie przejścia z opodatkowania ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych na zasady ogólne, obowiązuje zasada kontynuowania amortyzacji. Od 2021 roku obowiązuje art. 22i ust. 8 ustawy o PIT odnoszący się do obniżania stawki amortyzacyjnej. Zgodnie z nim nie stosuje się jej do środków trwałych wykorzystywanych w działalności, z której przychody są opodatkowane ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych.

Natomiast, wybór przez spółkę opodatkowania w formie ryczałtu od dochodów spółek oznacza odejście od dotychczasowych zasad rozliczenia określonych w ustawie o CIT.W przypadku spółki kapitałowej, która zmieni formę opodatkowania na estoński CIT w trakcie 2024 roku nie może przyjąć uproszczenia w zakresie stosowania podatkowych zasad amortyzacji środków trwałych (np. amortyzacja jednorazowa do 100 000 zł przy nowych środkach trwałych czy do 50 tyś euro w przypadku małych podatników), nawet jeżeli posiada status jednostki małej lub mikro. Dla celów estońskiego CIT spółka powinna kontynuować amortyzację dla celów bilansowych zgodnie z przyjętymi zasadami rachunkowości. Analogiczne zasady powinna również stosować dla nowych środków trwałych. Spółka może jednak w ramach swojej polityki rachunkowości przyjąć kwotę graniczną dla nieistotnej wartości początkowej środków trwałych, do której dokonuje ich jednorazowej amortyzacji (np. do 10 000 zł).

Jednak, w ramach stosowanych zasad rachunkowości spółka może, w okresie opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek przyjąć degresywną metodę amortyzacji, jeśli ta metoda odzwierciedla proces zużywania się danego środka trwałego w wyznaczonym okresie jego ekonomicznej użyteczności. Podatnik, który zakończył stosowanie opodatkowania estońskim CIT, uwzględnia odpisy amortyzacyjne dokonane zgodnie z przepisami o rachunkowości, przypadające za okres opodatkowania estońskim CIT.