Rozliczenie podatkowe dokonywane przez płatnika wymaga m.in. wykazania nieodpłatnych świadczeń zapewnianych pracownikom, ale również członkom zarządu i menadżerom. Przed wysłaniem PIT-4R i PIT-11 należy sprawdzić, jakie typy finansowanych przez podmiot świadczeń podlegają opodatkowaniu.

Przykładowo, gdy menedżer nie jest zatrudniony na podstawie umowy o pracę, lecz uzyskuje przychody z tytułu kontraktu menedżerskiego, to otrzymany przez niego ryczałt w związku z wykonywaniem pracy zdalnej, będzie stanowił dla niego podlegający opodatkowaniu przychód z działalności wykonywanej osobiście, o której mowa art. 13 pkt 7 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, natomiast na płatniku będą ciążyły obowiązki związane z poborem podatku (zaliczki na podatek) od tego świadczenia.

Podobnie, w odniesieniu do kwestii dotyczącej zużytego przez członków zarządu paliwa do przejazdów w celach prywatnych oraz opłat eksploatacyjnych, których koszty nabycia będzie podmiot pokrywać, wartość tego paliwa i opłat eksploatacyjnych będzie stanowiła – odrębny od przychodów z tytułu wykorzystywania samochodu służbowego do celów prywatnych – przychód prezesa czy członków zarządu. Wysokości ww. przychodu przedsiębiorstwo będzie zobowiązane ustalić zgodnie z art. 11 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, tj. na podstawie cen rynkowych stosowanych w obrocie rzeczami lub prawami tego samego rodzaju i gatunku, z uwzględnieniem w szczególności ich stanu i stopnia zużycia oraz czasu i miejsca ich uzyskania. Od tak określonego przychodu na przedsiębiorstwie będą ciążyć obowiązki płatnika określone w art. 41 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

W przypadku wyjazdów służbowych, jeśli kwestia przyznawania diet z tytułu podróży służbowych została określona w kontrakcie managerskim (lub w innych dokumentach będących jego podstawową częścią), to biorąc pod uwagę treść art. 21 ust. 1 pkt 16 lit. b ustawy o PIT, diety przyznawane zarządowi powinny korzystać ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem PIT, o ile będą mieściły się w limicie wynikającym z odrębnych przepisów. Natomiast, przypisanie prywatnego samochodu członka zarządu pod firmowego e-tolla skutkuje otrzymaniem przez członka zarządu nieodpłatnych świadczeń. Przychody takie powstawać będą wtedy, kiedy spółka z wykorzystaniem firmowego e-tolla opłacać będzie prywatne (tj. inne niż związane z pełnieniem funkcji członka zarządu spółki) przejazdy członka zarządu.

Często też podmioty finansują podnoszenie kwalifikacji zawodowych menadżerów. Dla opodatkowania wydatków na podnoszenie umiejętności branżowych członków zarządu istotnym jest czy są oni pracownikami spółki, czy jedynie są powołani do pełnienia tej funkcji przez zgromadzenie wspólników. Studia MBA członków zarządu zatrudnionych na podstawie umowy o pracę należy traktować jako podnoszenie ich kwalifikacji. Kwota świadczeń na podnoszenie kwalifikacji będzie mogła stanowić jako świadczenie pracownicze, przychód z pracy zwolniony z podatku dochodowego (art. 12 ust. 1 i art. 21 ust. 1 pkt 90 ustawy o PIT).

Studia MBA innych członków zarządu wygenerują zaś przychód z działalności wykonywanej osobiście, opodatkowany łącznie z pozostałymi przychodami z zarządzania spółką (art. 13 pkt 7PDOFizU). Nie przewidziano zwolnienia podatkowego dla podnoszących kwalifikacje członków zarządu niebędących pracownikami. W efekcie spółka nie wykaże przychodu z podnoszenia kwalifikacji w informacji PIT-11, jeśli członek zarządu jest pracownikiem, w pozostałych przypadkach doliczy go do przychodów z zarządzania w PIT-11.