Średnie i duże podmioty już realizują prace polegające na wdrożeniu jednego, wspólnego, jednolitego dla całego przedsiębiorstwa systemu rozliczeń, obejmującego m.in. system wystawiania dokumentów księgowych przez wszystkie komórki odpowiedzialne za finanse w strukturze organizacyjnej. Realizowane prace mają na celu m.in. weryfikację czy system numerowania faktur sprzedaży VAT jest prawidłowy w świetle przepisów art. 106e ust. 1 pkt 2 ustawy o podatku od towarów i usług przed rozpoczęciem stosowania KSeF.

Reguły wystawiania faktur ustrukturyzowanych zasadniczo nie różnią się od zasad sporządzania tych dokumentów w formie papierowej. Przepisy w tym zakresie nie zostały zmienione, co wynika przede wszystkim z faktu, że obligatoryjne elementy faktury określone zostały na poziomie unijnym. Faktury wystawione za pośrednictwem KSeF zawierają natomiast większą ilość pozycji fakultatywnych (zastępujących niejako przesłanie załączników do KSeF), które może wypełnić osoba wstawiająca taką fakturę.

Faktury powinny być tak numerowane, aby zapewnić ciągłość ewidencjonowania wystawianych faktur, jak również umożliwić identyfikację danej faktury. Zachowanie powyższych założeń ciągłości numerowania i możliwości identyfikacji, sposób nadawania numerów poszczególnym fakturom, ustala obecnie wyłącznie podatnik, wystawiający te faktury. Chodzi o to, by kolejno następującym po sobie fakturom nadawać numery w porządku chronologicznym. Tym samym prawidłowa jest taka wykładnia art. 106e ust. 1 pkt 2 ustawy, że każda kolejna faktura musi mieć numer o jeden większy od poprzedniego. Od lipca 2024 roku dojdzie do tej zasady zautomatyzowany mechanizm nadawania numeru KSeF każdej fakturze.

W świetle art. 106e ustawy, obecnie poprawną metodą jest nadawanie fakturom kolejnych, następujących po sobie numerów. Zgodne z literalnym brzmieniem ww. przepisu, faktura stwierdzająca dokonanie sprzedaży powinna zawierać m.in. numer kolejny faktury. Przy wystawianiu faktur powinna więc zostać zachowana chronologia numerowania i powinna ona dotyczyć wszystkich dokumentów będących fakturami. Faktury powinny zawierać m.in. indywidualne numery – według prowadzonej przez podatnika ewidencji (stanowisko zaprezentowane m.in. w interpretacji numer 0114-KDIP1-3.4012.603.2022.1.KP – Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej z 7.02.2023 r.).

Powyższe oznacza, że w procesie przygotowań do wdrożenia KSeF trzeba sprawdzić czy wszystkie dokumenty – wliczając w to faktury VAT – wystawiane są przy użyciu programu, który rejestruje dokumenty związane z wydaniem towaru/wykonaniem usługi kontrahentowi w sposób ciągły, niezależnie od rodzaju dokumentu. W przypadku sprzedaży towaru/usługi – będzie to faktura sprzedaży VAT. System automatycznie powinien numerować generowane dowody księgowe. Wówczas ciągłość numeracji zachowana będzie w obrębie wszystkich wygenerowanych dokumentów. Jednak, jeśli w tym samym rejestrze oprócz faktur na rzecz przedsiębiorców będą wystawiane faktury na konsumentów czy noty księgowe np. na kary czy na odsetki to dwie następujące po sobie faktury sprzedaży VAT nie zawsze będą miały zachowaną ciągłość numeracji.

A więc do KSeF będą trafiać tylko faktury, a nie noty i tym samym dla podatnika oznacza to, że część dokumentów, które będą ponumerowane i wygenerowane w systemie fakturowym powinien wysyłać do swoich kontrahentów poza KSeF, tj. noty obciążeniowe, korygujące czy faktury wystawione dla konsumentów. Ani przy tym z obowiązujących przepisów dotyczących KSeF, ani z przepisów, które wejdą w życie 1 lipca 2024. r., nie wynika, aby przy użyciu KSeF wystawiane mogły lub musiały być noty księgowe. Podobnie w początkowym okresie funkcjonowania w KSeF będzie z fakturami korygującymi wystawionymi do faktur pierwotnych spoza KSeF. Skoro faktura korygująca musi zawierać numer faktury pierwotnej, a pierwotna nie będzie miała numeru KSeF, to oznacza, że część wystawianych przez przedsiębiorców w ich systemach fakturowych korekt będzie wysyłana do kontrahentów poza KSeF. Dopiero korekty wystawione do pierwotnych faktur wystawionych po wejściu do KSeF będą wczytywane do KSeF, ze wskazaniem numery KSeF faktury pierwotnej.

Powyższe ograniczenia we wczytywaniu do KSeF prowadzą do wniosków, że przedsiębiorcy, aby ułatwić proces wdrożenia KSeF w swoich programach mogą przyjąć odrębne numeracje, a więc i rejestry na faktury wystawiane dla przedsiębiorców, osobne na faktury wystawiane dla konsumentów, osobne rejestry na faktury korygujące, itp. Dzięki temu łatwiej będzie im dokonywać importu właściwych faktur do KSeF.