Polskie przedsiębiorstwa prowadzą swoje biznesy również mając oddziały w innych krajach UE i ponoszą wydatki z nimi związane. Niekiedy pojawiają się wątpliwości czy przysługuje im prawo do odliczenia podatku VAT z towarów, czy usług nabywanych do swoich oddziałów zagranicznych. W myśl art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy VAT podatnik ma również prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów, lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami.

Jedną z najważniejszych zasad VAT jest neutralność tego podatku, dlatego też nie można pozbawiać przedsiębiorcy prawa do odliczenia podatku naliczonego od zakupu towarów lub usług, które zostały nabyte na potrzeby prowadzenia opodatkowanej działalności gospodarczej. Zakład oraz centrala powinny być traktowane jak jeden podatnik VAT niezależnie od tego, że mają dwa odrębne numery identyfikacji podatkowej w poszczególnych krajach UE. Podobnie w przedmiotowej kwestii wypowiedział się także Trybunał Sprawiedliwości UE w wyroku z dnia 7 sierpnia 2018 r. (sygnatura C-16/17).

Status podatnika – przypisany do danego podmiotu – ma zatem charakter globalny. Podatnikiem VAT, stosownie do przepisów prawa polskiego (i prawa wspólnotowego, a więc również i przepisów obowiązujących w innych państwach członkowskich) jest każdy podmiot, który prowadzi działalność gospodarczą gdziekolwiek. Nie jest tak, że w każdym państwie, gdzie podmiot prowadzi działalność, ma odrębny status podatnika. Nie ma także znaczenia, że w różnych miejscach (państwach) działalność ta prowadzona może być za pośrednictwem wyodrębnionych organizacyjnie oddziałów. Nadal pozostaje to działalność jednego podatnika (danej osoby prawnej). Stanowisko takie zostało potwierdzone m.in. przez Dyrektora KIS w interpretacji z 11 października 2019 roku, sygn. 0112-KDIL1-3.4012.443.2019.2.AP czy z 5 września 2023 r., sygn. 0114-KDIP1-2.4012.288.2023.2.RM.

Oddział osoby prawnej (czy to polskiej, czy to zagranicznej), niezależnie od tego, czy jest położony w tym samym państwie co osoba prawna, czy też w innym państwie, nie ma odrębnej podmiotowości prawnopodatkowej na gruncie VAT. Nie jest odrębnym podatnikiem VAT (Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z dnia 7 marca 2008 r., I SA/Wr 1803/07).

Podatnik musi więc udowodnić, że spełnione zostaną warunki takiego odliczenia, tj.:

• istnienie związku pomiędzy zakupami (np. materiałów) dokonanymi przez centralę, a czynnościami opodatkowanymi poza terytorium Polski przez zakład,
• brak ograniczeń w zakresie odliczania podatku naliczonego wynikających z odrębnych przepisów (podmiot dokonujący czynności dostawy towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju miałby ustawowe prawo do odliczenia podatku, gdyby analogicznych czynności dokonywał w Polsce),
• posiadanie dokumentów, z których wynika związek odliczonego podatku przez centralę z czynnościami wykonywanymi poza terytorium kraju przez oddział.

Oznacza to, że jednostka macierzysta będzie mieć prawo do odliczenia podatku VAT zawartego w fakturach wystawianych przez polskich podatników VAT czynnych dokumentujących nabycie towarów, które zostaną wykorzystywane do działalności opodatkowanej wykonywanej przez jego zakład na terytorium innego kraju UE.