Faktury zaliczkowe zgodnie z ustawą o podatku od towarów i usług wystawiane są na część należności za towar lub usługę. Zaliczka, przedpłata jako zapłata na poczet przyszłej należności musi być powiązana z konkretną transakcją.

Obowiązek wystawiania tzw. faktur końcowych istnieje w przypadkach, gdy faktura lub faktury zaliczkowe nie obejmują całej zapłaty. W przypadku zaś, gdy wystawiono więcej niż jedną fakturę dokumentującą otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur powinna zawierać również numery poprzednich faktur, a więc dane wymagane dla tzw. faktur końcowych, o których mowa w art. 106f ust. 3 ustawy. W takich przypadkach ostatnia z faktur zaliczkowych pełni funkcję faktury końcowej.

Sytuacja problematyczna pojawia się, gdy faktura zaliczkowa zostanie wystawiona na klienta na poczet zamówienia dotyczącego zakupu konkretnego towaru np. samochodu spełniającego indywidualne wymagania zamawiającego/klienta a ostatecznym płatnikiem będzie leasingodawca. Klient może zdecydować po wystawieniu na niego faktury zaliczkowej, na finansowanie reszty zakupu (pozostałej kwoty) przez firmę leasingową. A więc klient nie odstępuje od zrealizowania transakcji, na poczet której uiścił zaliczkę. Dochodzi do czynności opodatkowanej, na poczet której płatność (zaliczka) została przyjęta – towar finansowany przez firmę leasingową to ten sam, którego dotyczy zamówienie, na poczet którego klient dokonał wpłaty zaliczki udokumentowanej fakturą zaliczkową.

Powodem wystawienia faktury korygującej do faktury zaliczkowej nie powinien być fakt, że po zawarciu umowy z leasingodawcą klient zwraca się z prośbą na piśmie o wystawienie jednej faktury na całość zamówienia (bez faktury zaliczkowej i zaliczkowej końcowej) argumentując, że takie są wymogi ze strony leasingodawcy. Nie dochodzi do zwrotu wpłaconej zaliczki klientowi. Wartość korekty faktury zaliczkowej na pisemną prośbę klienta nie jest mu zwracana, tylko zaliczana na poczet faktury całościowej na zakup towaru jako wpłata własna do umowy leasingowej. Natomiast obowiązek korekty faktury zaliczkowej wywołałby dopiero faktyczny zwrot zaliczki klientowi.

Organy podatkowe wskazują w tej sytuacji, że nie jest poprawnym wystawienie faktury korygującej do wpłaconej przez klienta zaliczki. (m.in. Dyrektor KiS w interpretacji z 16 lutego 2016 r., sygn. 0111-KDIB3-1.4012.953.2025.2.MG). W konsekwencji nieprawidłowe jest wykazanie jej w ewidencji VAT w JPK i pomniejszenie podatku należnego o tę korektę. Przepisy ustawy VAT nie dają podstaw do skorygowania faktury w sytuacji, gdy w ramach zawartej umowy cesji dochodzi wyłącznie do zmian stron umowy, a przyszła dostawa towaru, na poczet której uiszczono zaliczkę, nie zostanie zrealizowana na rzecz pierwotnej strony umowy, ale na rzecz podmiotu, który ją zastąpił w przypadku, gdy nie dokonano faktycznego zwrotu zaliczki.

Jest to szczególnie istotne dla dealerów samochodowych, ale też innych firm, które sprzedają towary możliwe do późniejszego objęcia ich umową leasingową między pierwotnym klientem a leasingodawcą. Łatwo to będzie sprawdzić organom podatkowym w KSeF, do którego ta faktura zaliczkowa będzie musiała trafić, jeśli klientem będzie przedsiębiorca. Sprzedawcy po zmianie sposobu finansowania muszą poczynić dodatkowe formalności – umowy cesji, aby fakturę zaliczkową rozliczyć na poczet transakcji objętej leasingiem.