Krajowy System e-Faktur został odsunięty do 2026 roku jednak jeśli chodzi o wysyłkę VAT od lipca struktura JPK podlega aktualizacji. Wynika ona z rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 29 grudnia 2023 r. zmieniającego rozporządzenie w sprawie szczegółowego zakresu danych zawartych w deklaracjach podatkowych i w ewidencji w zakresie podatku od towarów i usług. Aktualizacja struktury nie wprowadza nowych obowiązkowych oznaczeń, zmiany są dostosowane dla podatników działających w KSeF fakultatywnie.

Warto więc przed aktualizacją JPK sprawdzić czy w sposób właściwy prezentowane są transakcje podlegające VAT i sporządzane korekty JPK. Korektę JPK_VAT należy złożyć między innymi w przypadku zmiany pozycji dotyczących: podatku należnego, podatku naliczonego, błędów dotyczących dat, w przypadku zmiany danych kontrahenta uniemożliwiających jego identyfikację – art. 99 ust. 11c ustawy o podatku od towarów i usług. Korekta powinna polegać na złożeniu nowego, kompletnego i zawierającego prawidłowe dane pliku JPK_VAT. W przypadku błędu w danych nabywcy (NIP) – należy złożyć korektę, w przypadku błędu w adresie nabywcy nie ma konieczności złożenia korekty.

Korekta wyłącznie części ewidencyjnej pliku JPK_VAT (np. w zakresie numeru faktury) nie będzie miała wpływu np. na termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynikający z przesłanego wcześniej rozliczenia (część deklaracyjna) zawartego w pierwotnym pliku. Sytuacja zmienia się przy korekcie części deklaracyjnej pliku. Jeżeli korekta części deklaracyjnej JPK_V7M będzie złożona jeszcze przed otrzymaniem zwrotu, to jej złożenie spowoduje wydłużenie terminu zwrotu podatku.

Termin zwrotu VAT ustalany jest od dnia złożenia rozliczenia, a ponieważ skorygowany plik JPK_V7M jest nowym rozliczeniem danego okresu, zatem od jego złożenia na nowo liczony jest termin zwrotu. W sytuacji gdy zmienia się podstawa opodatkowania faktura korygująca powinna znaleźć się części ewidencyjnej i deklaracyjnej. Należy też sprawdzić czy sprzedażowe transakcje unijne wykazane w JPKv7M są zgodne z tymi zaprezentowanymi w VAT UE.

Z broszury informacyjnej Ministerstwa Finansów dotyczącej struktury JPK_VAT z deklaracją wynika, że:

1. Korektę błędnego wpisu niewpływającego na wysokość podatku należnego lub naliczonego dokonuje się co do zasady poprzez jego wystornowanie, tj. wpisanie ze znakiem przeciwnym całego wpisu oraz ponowne dodanie prawidłowego wpisu z podaniem pierwotnego numeru dokumentu (np. DowodSprzedazy, NrKontrahenta lub NazwaKontrahenta). Natomiast, w przypadku gdy podatnik jeszcze nie przesłał pliku za dany okres rozliczeniowy, dopuszczalne jest ujęcie tylko jednego zapisu z poprawnymi danymi.

2. Korekty dokumentów wpływających na wysokość podstawy opodatkowania lub podatku należnego ( „in plus” lub „in minus”) należy ująć w ewidencji z numerem dokumentu korygującego za ten okres, za który zgodnie z przepisami ustawy powinna nastąpić korekta.

3. Korekty dokumentów wpływających na wysokość podatku naliczonego „in plus” lub „in minus” należy ująć w ewidencji z numerem dokumentu korygującego.

Natomiast, w przypadku korekt dokumentów wpływających na wysokość podatku naliczonego „in minus” jeżeli zgodnie z przepisami ustawy dokument pierwotny oraz korygujący można ująć w ewidencji za jeden okres rozliczeniowy dopuszczalne jest ujęcie wyłącznie dokumentu pierwotnego pomniejszonego o wartości z dokumentu korygującego.