W przypadku usług transportowych możliwe jest stosowanie różnych stawek VAT, w zależności na rzecz kogo i gdzie odbywa się transport. Faktury za usługi transportowe muszą być wczytywane do KSeF, za wyjątkiem usług świadczonych na rzecz konsumentów.

Dla usług wykonywanych na terytorium Polski stawka właściwa to 23% w przypadku transportu towarów a dla pasażerów 8% VAT (wyjątek transport sanitarny ze stawka zwolnioną). Świadczone usługi transportowe wewnątrzwspólnotowe są realizowane z zastosowaniem mechanizmu reverse charge, a usługi transportu międzynarodowego – ze stawką 0%.

Polskiemu podatnikowi świadczącemu usługę transportu towarów na rzecz innego polskiego podatnika z terytorium kraju na terytorium państwa trzeciego lub odwrotnie, przysługuje prawo do zastosowania stawki podatku VAT w wysokości 0% pod warunkiem, że posiada on dokumenty wymienione w art. 83 ust. 5 pkt 1 ustawy VAT, tj. list przewozowy lub dokument spedytorski (kolejowy, lotniczy, samochodowy, konosament morski, konosament żeglugi śródlądowej), stosowany wyłącznie w komunikacji międzynarodowej, lub inny dokument, z którego jednoznacznie wynika, że w wyniku przewozu z miejsca nadania do miejsca przeznaczenia nastąpiło przekroczenie granicy z państwem trzecim, oraz fakturę wystawioną przez przewoźnika (spedytora).

Podatnicy oprócz kosztów transportu, często nabywają również usługi przeładunku w porcie, koszty tarowania na wadze, pozostawanie wagi do dyspozycji, czy inne koszty związane z transportem i przeładunkiem towarów w terminalach przeładunkowych. Jednak przewożone towary nie mogą podlegać przetworzeniu ani innym czynnościom zmieniającym ich charakter, cechy lub przeznaczenie, jakie było im pierwotnie nadane. Transport towarów musi mieć charakter nieprzerwany, a ewentualne przestoje mogą mieć wyłącznie charakter techniczny.

Jeżeli przewożone towary mają charakter towarów importowanych, wówczas dowodem świadczenia usług transportu jest dodatkowo dokument potwierdzony przez właściwy organ celno-skarbowy, z którego jednoznacznie wynika fakt wliczenia wartości usługi transportowej do podstawy opodatkowania z tytułu importu towarów. Preferencyjna stawka podatku może więc mieć zastosowanie jedynie do tej wartości usługi transportowej, która została wliczona do podstawy opodatkowania z tytułu importu towarów.

Dyrektor KIS z interpretacji z 11 marca 2026 r. sygn. 0112-KDIL1-3.4012.26.2026.1.KM zwraca uwagę na ograniczenie stawki 0% VAT. Jeśli nie powstaje import towarów oraz brak jest dokumentów celnych potwierdzających wliczenie kosztów transportu do podstawy opodatkowania VAT, to nie są spełnione warunki dokumentacyjne umożliwiające zastosowanie stawki 0% podatku VAT.

Obowiązujące przepisy nie przewidują szczególnych terminów fakturowania usług transportowych. Załączniki do faktur, takie jak list przewozowy, nie są wczytywane do KSeF, mogą być wysyłane pomiędzy stronami transakcji mailem. Faktura za usługi transportu międzynarodowego wczytywana do KSeF najlepiej, aby wskazywała w nazwie usługi na jakim odcinku była realizowana (np. Polska­-kraj trzeci, itp.).