Podatnicy rozliczający podatek od dochodu na zasadach ogólnych, jak również podatnicy stosujący estoński CIT, mogą osiągać dochody zagraniczne, z których kontrahenci (usługobiorcy jako płatnicy) przed zapłatą za fakturę potrącają podatek u źródła. W konsekwencji polski podatnik płacąc w ciągu roku zaliczki na podatek dochodowy nie jest zobowiązany do uwzględniania należności licencyjnych uzyskanych zagranicą przy ich kalkulacji, a zagraniczny podatek podlega odliczeniu dopiero w zeznaniu rocznym.

Art. 20 ust. 1 ustawy o CIT, ustanawia następujące przesłanki materialne pozwalające na dokonanie odliczenia podatku zapłaconego w państwie źródła, tj.:

1. podmiot podlega nieograniczonemu obowiązkowi podatkowemu w Polsce (jest rezydentem);

2. podatnik ten osiąga dochody (przychody) zarówno na terytorium Polski, jak i za granicą;

3. dochody (przychody) osiągane na terytorium państw obcych podlegają opodatkowaniu w tych państwach;

4. dochody te nie są wolne od podatku na mocy postanowień umowy międzynarodowej, której stroną jest Rzeczpospolita Polska, i tym samym nie ma zastosowania art. 17 ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT,

5. podatek od dochodów (przychodów) osiąganych na terytorium państw obcych został faktycznie zapłacony w tych państwach.

Przykładowo, jeśli spółka uzyskuje wynagrodzenie z tytułu należności licencyjnych:

– które są otrzymywane od podmiotu zagranicznego tj. podmiotu, mającego siedzibę lub zarząd na terytorium kraju, z którym Polska zawarła umowę o unikaniu podwójnego opodatkowania,

– które są uzyskiwane od podmiotu zagranicznego, który nie posiada w Polsce zakładu w rozumieniu przepisów krajowych tj. ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych lub w rozumieniu umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania (UPO);

– które stanowią należności licencyjne w rozumieniu odpowiedniej UPO, do których nie ma zastosowania art. 17 ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT,

– od których podmiot dokonujący płatności pobiera podatek, do których ma zastosowanie metoda zaliczenia przewidziana w odpowiedniej UPO.

To zastosowanie znajduje art. 20 ust. 1 ustawy o CIT, zgodnie z którym dochody (przychody) z należności licencyjnych uzyskane ze źródeł położonych poza terytorium kraju i opodatkowane w kraju ich powstania, łączy się z dochodami (przychodami) osiąganymi na terytorium Polski dopiero w rozliczeniu (zeznaniu podatkowym) za rok podatkowy, którego te dochody (przychody) dotyczą, tym samym nie ma obowiązku obliczania i wpłacania od takich dochodów zaliczek na podatek dochodowy od osób prawnych. Wskazuje na to m.in. interpretacja Dyrektora KiS z 22 stycznia 2025 r., sygn. 0114-KDIP2-1.4010.638.2024.2.MW.

Natomiast w przypadku estońskiego CIT organy podatkowe (m.in. w interpretacji Dyrektora KiS z 22 czerwca 2023 r., sygn. 0111-KDIB1-2.4010.825.2022.1.AK) wskazują, że  podatnik posiadający zagraniczny zakład w państwie, z którym Polska posiada obowiązującą umowę o unikaniu podwójnego opodatkowania, ustalając podstawę opodatkowania ryczałtem, nie powinien uwzględniać dochodu z tytułu ukrytych zysków i dochodu z tytułu wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą, które przyporządkowane są do zagranicznego zakładu podatnika, niezależnie od tego, jaką metodę unikania podwójnego opodatkowania przewiduje dana umowa (metoda wyłączenia z progresją lub metoda odliczenia proporcjonalnego). Uwzględnieniu będą podlegały jedynie dochody z tytułu ukrytych zysków i dochody z tytułu wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą w sytuacji, kiedy zagraniczny zakład umiejscowiony jest w państwie, z którym Polska nie posiada obowiązującej umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania.