Podatnicy, którzy wybrali opodatkowanie estońskim CIT, decydują się niekiedy w ramach inwestowania na zakup papierów wartościowych, w tym obligacji. Bezpośredni zakup obligacji Skarbu Państwa nie spowoduje wykluczenia spółki z możliwości stosowania ryczałtu od dochodów spółek, tzw. estońskiego CIT, ponieważ obligacje Skarbu Państwa nie są udziałami w kapitale innej spółki. Podobna sytuacja będzie miała miejsce przy zakupie obligacji korporacyjnych czy komunalnych przez spółkę. Stanowisko to potwierdza Dyrektor KIS w interpretacji z 20 marca 2025 r., sygn. 0111-KDIB1-2.4010.758.2024.2.END.

W wyniku emisji obligacji emitent uzyskuje (często długoterminowe) źródło finansowania swojej działalności, nabywca zaś lokuje środki pieniężne w celu uzyskania korzyści o charakterze pieniężnym lub niepieniężnym. Istota tych papierów polega na tym, że emitent poprzez sprzedaż uzyskuje od nabywców określoną kwotę pieniężną, którą jest zobowiązany zwrócić w terminie oznaczonym na danym papierze wartościowym (w sposób i w terminach określonych w warunkach emisji) oraz zapłacić nabywcy papieru wartościowego określoną kwotę dyskonta lub procent za korzystanie z pieniędzy.

W konsekwencji transakcje buy-sell back na obligacjach Skarbu Państwa, obligacjach spółek z udziałem Skarbu Państwa i obligacjach komunalnych mogą być traktowane jako instrumenty finansowe, które nie wykluczają stosowania CIT Estońskiego, ponieważ są to transakcje krótkoterminowe w swoim charakterze tożsame jak tradycyjne obligacje. Podobnie korzystanie z usług zarządzania aktywami (asset management) oferowanych przez instytucje finansowe obejmujące np. analizę finansową, tworzenie strategii inwestycyjnych, wybór i zakup instrumentów finansowych, monitorowanie portfela oraz raportowanie nie wpływa na możliwość stosowania CIT Estońskiego przez spółkę oraz nie wyklucza stosowania CIT Estońskiego, o ile zarządzane aktywa nie obejmują udziałów, akcji w kapitale innych spółek.

Inaczej sprawa wygląda z inwestycjami spółki w fundusze inwestycyjne. Ustawodawca w art. 28j ust. 1 pkt 5 ustawy CIT posługuje się pojęciem „tytułów uczestnictwa” w funduszu inwestycyjnym lub w instytucji wspólnego inwestowania. W przypadku inwestycji w fundusz inwestycyjny zamknięty nabywa się certyfikaty inwestycyjne, które stanowią papier wartościowy. Natomiast w przypadku funduszy inwestycyjnych otwartych nabywa się jednostki uczestnictwa. Zarówno certyfikaty inwestycyjne, jak i jednostki uczestnictwa reprezentują prawa majątkowe przysługujące uczestnikom instytucji wspólnego inwestowania. Zarówno fundusz inwestycyjny otwarty, jak i fundusz inwestycyjny zamknięty stanowią instytucje wspólnego inwestowania – potwierdza to interpretacja Dyrektora KiS z 28 sierpnia 2024 r. sygn. 0111-KDIB1-2.4010.354.2024.2.MK

Nabycie jednostek uczestnictwa lub certyfikatów inwestycyjnych stanowi naruszenie warunku opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek, o którym mowa w art. 28j ust. 1 pkt 5 ustawy o CIT. Bez znaczenia pozostaje, w jakie instrumenty finansowe dany fundusz inwestycyjny inwestuje, gdyż ustawodawca dla art. 28j ust. 1 pkt 5 ustawy o CIT, nie przewidział żadnych wyjątków od warunku nieposiadania tytułów uczestnictwa w funduszu inwestycyjnym lub w instytucji wspólnego inwestowania.