Przygotowania do Krajowego Systemu e-Faktur wkraczają w wielu firmach w zaawansowany etap, dlatego w ramach przeglądu weryfikują one nie tylko stawkę podatku VAT na fakturach ale również realizowane czynności transgraniczne związane z rozliczeniem podatku VAT. Szczególnie, że dostawa towarów do innego niż Polska państwa członkowskiego nie zawsze jest wewnątrzwspólnotową dostawą. Warunki, od których uzależnione jest zakwalifikowanie dostawy do wewnątrzwspólnotowej, zostały ściśle określone w art. 13 ustawy o VAT. Jednym z nich jest wywóz towarów z terytorium Polski na terytorium innego państwa członkowskiego w wykonaniu czynności określonych w art. 7, jednak równie ważne są warunki stawiane nabywcom towarów.

W art. 13 ust. 2 ustawy o VAT określono, że dostawę uznaje się za wewnątrzwspólnotową wówczas, gdy nabywcą jest m.in. podatnik podatku od wartości dodanej zidentyfikowany na potrzeby transakcji wewnątrzwspólnotowych na terytorium państwa członkowskiego innego niż terytorium kraju. Jeśli taka sytuacja nie będzie miała miejsca wówczas transakcję należy opodatkować według polskiej stawki krajowej VAT a nie ze stawką 0%.

Przykładowo, kontrahent spoza UE zamawia w polskiej firmie towary i zleca polskiej firmie organizację ich transportu do Francji. Nie podaje jednak numeru VAT UE, ponieważ nie jest podatnikiem VAT w żadnym z państw członkowskich. Art. 138 ust. 1 dyrektywy 2006/112/WE przewiduje, że państwa członkowskie zwalniają dostawy towarów wysyłanych lub transportowanych do miejsca przeznaczenia znajdującego się poza terytorium danego państwa, ale na terytorium Wspólnoty, przez sprzedawcę, przez nabywcę lub na ich rzecz, dokonane dla innego podatnika lub osoby prawnej niebędącej podatnikiem, działających w takim charakterze w państwie członkowskim innym niż państwo rozpoczęcia wysyłki lub transportu towarów.

Jeśli więc kontrahent spoza UE nie działa w charakterze podatnika na terytorium UE, to nie można mówić o WDT z Polski. Będzie to dostawa towarów wysyłanych, opodatkowana w miejscu rozpoczęcia wysyłki towarów, czyli w Polsce, ale ze względu na status podatkowy nabywcy, nie można przyjąć, że jest to WDT. W tej sytuacji należy opodatkować dostawę stawką krajową. Znajdzie tu zastosowanie art. 22 ust. 1 pkt 1 ustawy VAT. W myśl tego przepisu, miejscem dostawy towarów wysyłanych lub transportowanych przez dokonującego ich dostawy, ich nabywcę lub przez osobę trzecią jest miejsce, w którym towary znajdują się w momencie rozpoczęcia wysyłki lub transportu do nabywcy. W konsekwencji istotne znaczenie ma to, w którym kraju znajduje się towar w momencie rozpoczęcia wysyłki. Jeśli towar wysyłany jest z Polski, miejscem dostawy towarów jest w tym przypadku Polska.

Tylko w sytuacji, gdy podmiot z kraju trzeciego, byłby podatnikiem podatku od wartości dodanej zarejestrowanym lub zobowiązanym do dokonania takiej rejestracji na terenie UE, wówczas z punktu widzenia polskiego sprzedawcy, po spełnieniu pozostałych warunków przewidzianych w ustawie (m.in. posiadaniu dowodów przemieszczenia towaru do innego kraju członkowskiego), dostawa mogłaby być uznana za wewnątrzwspólnotową z możliwością zastosowania 0% stawki VAT.