Pomimo, iż przepisy ustawy VAT nie posługują się pojęciem „skonto”, zgodnie z powszechną praktyką podatników, przez pojęcie to należy rozumieć procentowe zmniejszenie sumy należności udzielane nabywcy przez dostawcę pod warunkiem, że należność zostanie uregulowana przez odbiorcę przed terminem płatności. Ten rodzaj upustu stosowany jest zatem przy fakturach z odroczonym terminem zapłaty. Skonto z założenia ma zapewniać korzyści obu stronom transakcji. Kwota skonta rekompensuje więc kupującemu skutki wynikające z faktu dokonania wcześniejszej zapłaty.

Fakturę korygującą wystawia się w przypadku udzielenia rabatów, obniżek cen, zwrotu sprzedawcy towarów oraz zwrotu nabywcy kwot nienależnych, a także zwrotu nabywcy zaliczek, przedpłat, zadatków lub rat, podlegających opodatkowaniu (zwrotu całości lub części należności) oraz w sytuacji, gdy podwyższono cenę po wystawieniu faktury lub w razie stwierdzenia pomyłki w cenie, stawce lub kwocie podatku bądź w jakiejkolwiek innej pozycji faktury. Dopuszczalne jest zatem korygowanie „pomyłek w cenie, stawce, kwocie podatku lub w jakiejkolwiek innej pozycji faktury”, przy czym nie uczyniono żadnych zastrzeżeń co do charakteru tych pomyłek, mogą to być więc – co do zasady – wszelkie możliwe pomyłki.

Rabat z tytułu wcześniejszej zapłaty (skonto) ma charakter warunkowy. Jest on przyznawany pod warunkiem zawieszającym – dopiero z chwilą ziszczenia się warunku – w razie wcześniejszej zapłaty udzielany jest rabat. Jeśli warunek ziszcza się już po dostawie, to wówczas rabat jest przyznawany po dokonaniu transakcji. Tym samym trzeba uznać, że nie może być uwzględniany w cenie jednostkowej już w momencie wystawienia faktury pierwotnej, a zatem również w podstawie opodatkowania. Na tym etapie nie wiadomo, czy rabat ten faktycznie zostanie przyznany, czy też nie.

Przepisy ustawy o podatku od towarów i usług nie regulują kwestii wystawiania faktur korygujących, które zawierałyby zapis, iż udzielony rabat (tutaj skonto) odnosi się do wszystkich pozycji na fakturze, jednocześnie tego nie zabraniają. Ważne jest aby faktura korygująca zawierała elementy wymienione w art. 106j ust. 2 ustawy. Dopuszczalnym zatem jest, aby, przy dużym asortymencie towarów wymienionych w fakturze przy jednolitej stawce VAT, np. 0 % nie mającej wpływu na kwotę podatku, wystawiona przez podatnika faktura zawierała określenie „dotyczy wszystkich pozycji” (nie istnieją tutaj różne stawki podatku VAT), a udzielany rabat spełni warunki skonta. Potwierdza to Dyrektor KiS w interpretacji z dnia 7 sierpnia 2024 r., sygn. 0114-KDIP1-2.4012.253.2024.1.JO.

Właściwym do uwzględnienia skonta okresem rozliczeniowym jest okres rozliczeniowy, w którym dokonana została zapłata (w terminie uprawniającym do skonta). Stanowisko to znajduje potwierdzenie w treści interpretacji indywidualnej Dyrektora KiS z 17 maja 2022 r. (sygn. 0114-KDIP1-2.4012.101.2022.1.JO), która wydana została na wniosek spółki korzystającej ze skont najczęściej przed przesłaniem pliku JPK_VAT za miesiąc, w którym powstał obowiązek podatkowy z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Podobnie sytuacja wyglądałaby przy rozliczeniach skont w transakcjach krajowych.