Zgodnie z obowiązującymi przepisami Specjalne Strefy Ekonomiczne (SSE) zakończą działalność z końcem grudnia 2026 roku. Po tym terminie przedsiębiorcy utracą możliwość korzystania ze zwolnień z podatku dochodowego uzyskanych na podstawie zezwoleń, nawet jeśli były one wydane na czas nieokreślony. Przedsiębiorcy są więc w okresie ostatnich lat funkcjonowania w tym mechanizmie i właściwego jego rozliczenia. Wsparcie na wszelkie nowe inwestycje udzielane jest już w oparciu o ustawę o wspieraniu nowych inwestycji (ustawa o WNI). Wielu przedsiębiorców ma obecnie zarówno stare zezwolenia na prowadzenie działalności na terenie SSE jak i nowe decyzje o wsparciu.

Zgodnie z brzmieniem art. 17 ust. 6a ustawy o CIT, w przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, działalność prowadzoną na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu wydziela się organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu.

Powyższe przepisy nie narzucają więc obowiązku przypisywania dochodu do konkretnych decyzji o wsparciu. Wymogi w nich zawarte wskazują jedynie, aby na podstawie prowadzonych przez podatnika ksiąg możliwe było ustalenie odrębnego wyniku podatkowego dla działalności gospodarczej, z której dochód korzysta ze zwolnienia od opodatkowania oraz dla działalności, z której dochód podlega opodatkowaniu. Będzie to szczególnie istotne w zakresie przygotowania i wysyłki JPK CIT do urzędu skarbowego.

Obecnie brak jest jakichkolwiek uregulowań prawnych, które bezpośrednio nakładałyby na przedsiębiorców obowiązek wydzielania organizacyjnego działalności prowadzonej na podstawie różnych decyzji o wsparciu, jak również samego wyodrębniania wyniku podatkowego, który został osiągnięty w ramach poszczególnych projektów inwestycyjnych, objętych odrębnymi decyzjami o wsparciu. Podatnik więc może prowadzić jedną wspólną ewidencję dochodów uzyskiwanych na podstawie kilku decyzji na potrzeby rozliczenia dochodu zwolnionego z opodatkowania.

Należy jednak pamiętać, że rozliczenie pomocy publicznej następuje chronologicznie tj. w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit pomocy publicznej w ramach decyzji o wsparciu wydanej najwcześniej, a gdy limit wynikający z tej decyzji o wsparciu jest niewystarczający, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana z dostępnym limitem wynikającym z kolejnych decyzji o wsparciu, w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania.

Dziesięcioletni okres przedawnienia roszczeń związanych ze zwrotem pomocy publicznej, o którym mowa w art. 18 ust. 5 uWNI oraz w art. 12c ustawy o SSE, nie ma wpływu na okres przedawnienia zobowiązań podatkowych przedsiębiorcy z tytułu CIT, także w sytuacji korzystania przez niego ze zwolnienia z CIT na podstawie posiadanej decyzji o wsparciu lub zezwolenia SSE, tj. nie zastępuje on standardowego, pięcioletniego terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych w CIT, o którym mowa w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej.