Podatnicy, którzy wybrali w latach ubiegłych rozliczenie na zasadach tzw. estońskiego CIT rozważają niekiedy dokonanie zmian w zakresie przekształcenia swojej formy organizacyjnej. Jest to możliwe i niekoniecznie musi wywoływać negatywne skutki podatkowe w postaci utraty prawa dalszego rozliczenia zryczałtowanym podatkiem.

Jeśli przykładowo przekształcenie spółki komandytowej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością zostanie przeprowadzone według przepisów Kodeksu spółek handlowych, to spółka z ograniczoną odpowiedzialnością wstąpi we wszelkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki przekształcanej spółki komandytowej. Przekształcenie spółki komandytowej w spółkę z o.o. nie stanowi więc jej likwidacji, lecz prowadzi do jej kontynuacji w innej, nowej formie prawnej. Majątek spółki przekształcanej z dniem przekształcenia, staje się majątkiem spółki przekształconej. A więc, przekształcenie to polega wyłącznie na modyfikacji formy ustrojowej spółki, a nie na rozwiązaniu spółki i utworzeniu w jej miejsce nowej. Jest to więc tożsamy podmiot, funkcjonujący po przekształceniu w nowej formie prawnej. Przepisy prawa podatkowego nie wyłączają możliwości dokonania przekształcenia w sytuacji korzystania już z opodatkowania ryczałtem. Ponadto, przekształcenie spółki komandytowej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie jest czynnością restrukturyzacyjną wymienioną w art. 28k ust. 1 pkt 5-6 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

A więc, przekształcenie spółki komandytowej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie stanowi przeszkody do kontynuowania zasad opodatkowania ryczałtem. Jeżeli opodatkowanie ryczałtem rozpoczęła spółka komandytowa i zostanie ona przekształcona w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością, to spółka z o.o. może kontynuować opodatkowanie ryczałtem rozpoczęte przez spółkę komandytową, o ile nadal spółka będzie spełniać warunki przewidziane w art. 28c-28t ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Podatnik nie będzie zobowiązany do złożenia nowego zawiadomienia ZAW-RD po przekształceniu spółki komandytowej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością. Stanowisko takie potwierdził Dyrektor KiS w interpretacji z 13 grudnia 2023 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.632.2023.1.JG.

Podobnie, przekształcenie spółki akcyjnej w spółkę z o.o. pozwala kontynuować opodatkowanie estońskim CIT. Tego rodzaju przekształcenie nie zostało wskazane w art. 28k ustawy CIT jako wyłączające z opodatkowania estońskim CIT. Przekształcenie „spółki w spółkę” w rozumieniu ustawy CIT pozwala więc kontynuować opodatkowanie estońskim CIT. Podobne stanowisko wyrażono m.in. w interpretacji Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 19.05.2022 r., 0111-KDIB1-1.4010.176.2022.1.ŚS.

Natomiast, zgodnie z art. 28 k ustawy CIT, „estońskiego CIT” nie stosuje się do podatników, utworzonych przez podmioty, które tytułem wkładu wniosły składniki majątku otrzymane w wyniku likwidacji innych podmiotów, w których posiadały udziały oraz do podatników, do których wniesiono na poczet kapitału uprzednio prowadzone przedsiębiorstwo, zorganizowaną część przedsiębiorstwa albo składniki majątku tego przedsiębiorstwa o wartości przekraczającej łącznie równowartość w złotych kwoty 10 000 euro przeliczonej według średniego kursu euro ogłaszanego przez NBP w pierwszym dniu roboczym miesiąca poprzedzającego miesiąc, w którym wniesiono te składniki majątku – w roku podatkowym, w którym rozpoczęli działalność, oraz w roku podatkowym bezpośrednio po nim następującym, nie krócej jednak niż przez okres 24 miesięcy od dnia utworzenia. W tym przypadku zmiana formy organizacyjnej wymusza wstrzymanie się z wyborem estońskiego CIT.