Generalną zasadą w przypadku opodatkowania podatkiem dochodowym osób fizycznych jest stwierdzenie, że przychód powstaje w momencie faktycznego uzyskania przez podatnika (postawienia do jego dyspozycji) określonych kwot. Jest to tzw. zasada kasowa. Otrzymana zaliczka na poczet wynagrodzenia (ewentualnie część wynagrodzenia) rodzi takie same konsekwencje podatkowe jak otrzymane wynagrodzenie. Gdy płatnik wypłaci zaliczkę na poczet wynagrodzenia płatnego zgodnie z zawartą umową, to po stronie podatnika powstanie przychód w miesiącu wypłaty tej zaliczki.

Przepisy przewidują możliwość wypłacania pracownikowi zaliczek stanowiących przedpłatę dotyczącą przyszłego wynagrodzenia. Wniosek o wypłatę zaliczki na poczet wynagrodzenia wypełnia i przedkłada pracodawcy pracownik. Za zgodą pracownika zaliczka na wynagrodzenie może być wypłacona w gotówce. Posiadanie zgody pracowników na wypłaty zaliczkowe nie zwalnia pracodawcy z obowiązku terminowej i prawidłowej wypłaty wynagrodzeń.

Zaliczka na poczet wynagrodzenia za pracę dla pracownika to świadczenie ze stosunku pracy zrealizowane przed terminem jego wymagalności. Podlega ona zarówno opodatkowaniu jak i oskładkowaniu. Powyższe zasady potrącenia podatku PIT od zaliczki nie będą miały zastosowania przy stosowaniu ulgi dla młodych, ulgi dla seniora, wielodzietnych czy ulgi na powrót – do limitu przychodów rocznych 85 528 zł.

Jeśli zaliczka jest wypłacana w tym samym miesiącu, co reszta wynagrodzenia, obie części mogą być rozliczone łącznie, przy czym najlepiej dokonywać rozliczenia podatkowo-składkowego narastająco (m.in. interpretacja KIS z 12.07.2019, sygn. 0114-KDIP3-1.4011.302.2019.1.MJ). Gdy nadejdzie właściwy termin wypłaty wynagrodzeń za dany miesiąc, za który pracownik przyjął zaliczkę, otrzyma resztę wynagrodzenia, czyli wynagrodzenie po pomniejszeniu o kwotę pobraną z góry. Rozliczenie narastające zapewnia właściwą korektę tych wartości. Umożliwia prawidłowe ustalenie wysokości składki na ubezpieczenie zdrowotne, jeżeli któraś z wypłat byłaby na tyle niska, że naliczona od niej składka zdrowotna została pomniejszona do wysokości zaliczki na podatek dochodowy. Płatnik wypłacając w jednym miesiącu zaliczkę na poczet wynagrodzenia oraz pozostałą część tego wynagrodzenia, powinien pamiętać, że do obliczenia za dany miesiąc zaliczki na podatek koszty uzyskania przychodów oraz kwotę zmniejszającą podatek uwzględnia się w pojedynczej wysokości.

Podobnie sytuacja wygląda przy umowach cywilnoprawnych,. Otrzymana przez wykonawcę dzieła (postawiona mu do dyspozycji) zaliczka na poczet wynagrodzenia wywołuje takie same konsekwencje podatkowe w zakresie jej opodatkowania, jak otrzymane (postawione mu do dyspozycji) wynagrodzenie. W związku z tym przedsiębiorca zamawiający dzieło obowiązany jest jako płatnik opodatkować każdą wypłatę należności wynikającą z umowy o dzieło, także tę zaliczkową, a pobraną zaliczkę na podatek lub zryczałtowany podatek dochodowy przekazać do urzędu skarbowego.

Podatnicy, którzy otrzymają w grudniu zaliczki na poczet wynagrodzenia styczniowego muszą liczyć się z tym, że zaliczki te będą uwzględnione do rozliczenia rocznego PIT za 2024 rok i mogą powodować łącznie z przychodami z wynagrodzeń za 2024 rok przekroczenie pierwszego progu podatkowego i tym samym zapłatę podatku PIT za 2024 rok w wysokości 32%.