Każda osoba, która wprowadza do obrotu prawnego fakturę z wykazaną kwotą podatku (bez względu na powód, również w przypadku nieprawidłowego wystawienia faktury) ma obowiązek zapłaty wykazanego w niej podatku VAT. Od momentu wejścia do Krajowego Systemu e-Faktur faktura będzie weryfikowana i przechowywana przez 10 lat. Zgodnie z art. 297h ordynacji podatkowej dane z KSeF będą udostępniane organom Krajowej Administracji Skarbowej (w tym np. Generalnemu Inspektorowi Informacji Finansowej – zgodnie z przepisami o przeciwdziałaniu praniu pieniędzy oraz finansowaniu terroryzmu), a więc znacznie łatwiej będzie można wykryć błąd w fakturze niż przy aktualnym trybie fakturowania. Wzrośnie więc skuteczność wykrywania nieprawidłowości i tzw. pustych faktur przez organy administracji skarbowej.

Sytuacja, w której faktura wystawiona w trybie art. 108 ust. 1 ustawy VAT została rozliczona w deklaracji, powoduje konieczność wyeliminowania tej faktury z rozliczenia podatku należnego (tj. z deklaracji, w której została pierwotnie rozliczona) i równoległe nakłada obowiązek zapłaty wykazanego w niej podatku. Wykazanie w ewidencji VAT tzw. „pustej faktury”, nie zmienia faktu, że kwota podatku VAT z tej faktury podlega wpłacie w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym została wystawiona – art. 103 ustawy.

Zgodnie z art. 81 §1 i §2 ustawy Ordynacja podatkowa: jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej, podatnicy, płatnicy i inkasenci mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację. Skorygowanie deklaracji następuje przez złożenie korygującej deklaracji.

Korekta deklaracji ma na celu poprawienie błędu, który został popełniony przy jej sporządzeniu. Może on dotyczyć określenia wysokości zobowiązania podatkowego, wysokości nadpłaty lub zwrotu podatku oraz innych danych zawartych w treści deklaracji. Skorygowanie deklaracji polega na ponownym, poprawnym już wypełnieniu deklaracji. Skorzystanie przez podatnika z wprowadzonej przez ustawodawcę instytucji korekty deklaracji powoduje, że złożona przez niego korygująca deklaracja zastępuje pierwotną (korygowaną) deklarację i pociąga za sobą skutki prawne, pozbawiając jednocześnie pierwotną deklarację mocy prawnej.

W razie, gdy taką fakturę na swoim koncie w KSeF zobaczyłby nabywca, to ma prawo potraktować ją jako fakturę scamową i zgłosić ją do administracji skarbowej. Jest to oczekiwane przez podatników rozwiązanie, gdyż faktury z KSeF nie można samodzielnie usunąć ze swojego konta, więc tzw. puste faktury mogą również znaleźć się w obiegu gospodarczym. Najważniejsze jest ich wychwycenie i niewprowadzanie do swoich rozliczeń podatkowych. Rozwiązanie to będzie widoczne w Aplikacji KSeF 2.0, w działającej fakultatywnie aplikacji KSeF 1.0 nie jest ono widoczne.

Nie należy zgłaszać do administracji faktur, które potwierdzają rzeczywisty przebieg transakcji, a w związku z którymi strony transakcji toczą spór o kwotę, na którą faktura powinna być wystawiona np. w związku z reklamacją lub nienależytym wykonaniem tej usługi.