Nabywane przez podatników udziały w spółkach krajowych i zagranicznych wymagają właściwej ewidencji i przypisania znaczników do JPK CIT. Udziały nabyte w spółkach kapitałowych wykazuje się w księgach jako długoterminowe lub krótkoterminowe inwestycje i oznacza znacznikiem bilansowym. Dodatnie lub ujemne różnice kursowe od inwestycji krótkoterminowych księguje się analogicznie, jak w przypadku innych aktywów: jako zmniejszenie lub zwiększenie wartości tych aktywów, drugostronnie – jako pozostałe koszty lub przychody finansowe.

Sposób ujmowania różnic w przypadku inwestycji długoterminowych zapisany został w art. 30 ust. 4 ustawy o rachunkowości. Do wyceny nabytych udziałów jednostka powinna przyjąć kurs średni NBP z dnia poprzedzającego dzień podpisania aktu notarialnego w zakresie nabycia udziałów. Dodatnie bądź ujemne różnice kursowe powstają w związku z dokonaniem zapłaty za obejmowane udziały. Skutki podatkowe nabycia udziałów związane są z zyskami kapitałowymi, wobec tego i różnice kursowe winny być kwalifikowane do zysków kapitałowych. Podobnie, koszty poniesione w celu finansowania nabycia udziałów (np. odsetki, a także inne opłaty ponoszone na rzecz banków związane z udzieleniem kredytów/pożyczek, w tym prowizje), powinny być rozpoznawane jako koszty przypisane do źródła przychodów z zysków kapitałowych.

Co prawda Naczelny Sąd Administracyjny wydał orzeczenie z 20 lipca 2021 r. (sygnatura II FSK 2627/20), zgodnie z którym pożyczkodawca – podatnik CIT powinien rozpoznawać odsetki jako koszt pośredni i może alokować koszt do dochodu osiąganego z zysków kapitałowych oraz dochodu z innych źródeł przychodów poprzez zastosowanie klucza przychodowego. Jednak organy podatkowe po tym wyroku nadal mają stanowisko odmienne. (m.in. interpretacja indywidualna z 24 września 2024 r., sygn. 0114-KDIP2-2.4010.290.2024.2.SJ, podobnie interpretacja z 13 lutego 2025 r., sygn. 0114-KDIP2-2.4010.700.2024.1.SP).

Same wydatki poniesione na nabycie udziałów nie stanowią kosztów uzyskania przychodów w momencie ich poniesienia. Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT – nie uważa się za koszty uzyskania przychodu wydatków na objęcie lub nabycie udziałów. Wydatki takie są jednak kosztem z odpłatnego zbycia tych udziałów. Tym samym, wydatki na nabycie udziałów mogą stanowić koszty uzyskania przychodu dopiero w momencie ich zbycia.

Jednak, podczas procesu nabycia udziałów, podatnik ponosi też koszty obsługi prawnej i doradczej. Takie jak m.in. koszty usług prawnych, w zakresie przygotowania dokumentacji transakcyjnej oraz wsparcia, usługi badania due diligence, w tym w zakresie finansowym, prawnym i podatkowym, itp. W ocenie organów podatkowych (m.in. interpretacja Dyrektora KiS z 15 października 2024 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.408.2024.2.DW) z uwagi na fakt, że ww. wydatki spełniają definicję kosztów uzyskania przychodów ujętą w art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, a jednocześnie nie podlegają wyłączeniu na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy o CIT, powinny być one zakwalifikowane do tzw. „kosztów pośrednich”, gdyż nie mają bezpośredniego związku z uzyskaniem przez podatnika konkretnych przychodów. Koszty te powinny być zaliczane do kosztów uzyskania przychodu z zysków kapitałowych.