Płatnicy podatku dochodowego od osób fizycznych są niekiedy zobligowani do zapłaty zasiłków, które nie zostały wypłacone pracownikowi w terminie. Przychód z zaległych zasiłków jest przychodem roku, w którym nastąpiło przekazanie kwoty należnych podatnikowi zasiłków. Okoliczność, że dochody z tytułu zasiłków były należne za lata wcześniejsze, a podatnik musiał domagać się ich przyznania np. na drodze sądowej, nie ma wpływu, w świetle art. 11 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, na moment opodatkowania.

W ocenie organów podatkowych, wypłacone podatnikowi na mocy wyroku sądowego świadczenia, zaległe zasiłki z ZUS za lata poprzednie, stanowią dla niego przychód w roku ich otrzymania, brak jest więc podstawy prawnej do skorygowania zeznań podatkowych, za lata, za które zasiłki były należne (np. pismo z dnia 30 kwietnia 2024 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, sygn. 0112-KDIL2-2.4011.232.2024.1.KP). Niekiedy jednak, gdy taka wypłata następuje w ramach jednorazowego wyrównania, dochodzi do przekroczenia drugiego progu podatkowego i w konsekwencji do zastosowania wyższej 32% stawki podatku.

Natomiast, zasiłek z dniem śmierci pracownika staje się prawem majątkowym ze stosunku pracy. Należało wówczas ustalić krąg osób uprawnionych do tych praw i wypłacić w równych częściach, z pobraniem zaliczki na podatek dochodowy. Płatnik musi również wypełnić PIT-11 i przekazać do urzędu skarbowego jak i również do osoby uprawnionej.

Pracownik, który otrzymał zbyt niskie wynagrodzenie chorobowe lub zasiłek chorobowy, może skutecznie domagać się wyrównania tych świadczeń od swojego pracodawcy. Dotyczy to także sytuacji, w której nie jest już zatrudniony w danej firmie. Żądanie wyrównania wymaga złożenia odpowiedniego wniosku do pracodawcy. Pracownik może domagać się uzupełnienia finansowego do 3 lat wstecz (w przypadku wynagrodzenia chorobowego) lub 6 miesięcy wstecz (w przypadku zasiłku chorobowego). Zaległe wynagrodzenie chorobowe jest wypłacane przez pracodawcę wraz z najbliższą pensją, zasiłek zaś zostaje przekazany przez Zakład Ubezpieczeń Społecznych.

Do zasiłków chorobowych zarówno wypłaconych w terminie jak i zaległych nie stosuje się ulg podatkowych typu ulga dla młodych, ulga dla seniora czy rodzin wielodzietnych ( wyjątek to zasiłek macierzyński). Zwolnienie od podatku dochodowego obejmuje wyłącznie przychody uzyskane ze wskazanych w ustawie PIT źródeł, m.in. zatrudnienia na etacie czy na umowie zlecenia. Zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego stanowią na gruncie ustawy PIT przychód z innych źródeł. Mowa o nich w art. 20 ust. 1 tej ustawy. Tym samym nie są objęte wskazanym zwolnieniem od podatku. Zasiłek chorobowy nie stanowi podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia społeczne ani zdrowotne, co wynika odpowiednio z art. 18 ust. 2 ustawy o systemie ubezpieczeń społecznych oraz art. 81 ustawy zdrowotnej.

Jedynie odsetki z tytułu nieterminowej wypłaty zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego są wolne od podatku dochodowego. Zwolnienie to wprowadziła ustawa z 31 stycznia 2019r. o rodzicielskim świadczeniu uzupełniającym (Dz. U z 2019r., poz. 303). Wynika ono z dodanego pkt 95a w art. 21 ust. 1 ustawy PIT i dotyczy odsetek od zaległych świadczeń (np. zasiłku chorobowego, macierzyńskiego) wypłacanych zarówno przez ZUS, jak i przez pracodawców będących płatnikami.