W przypadku likwidacji spółki kapitałowej pozostały majątek dzielony jest pomiędzy wspólników, w formie pieniężnej lub rzeczowej. Spółka musi wówczas wywiązać się z ostatnich obowiązków podatkowych wobec urzędu skarbowego z tytułu podatków dochodowych i podatku VAT.

Nieruchomości przekazane udziałowcowi w ramach likwidacji spółki powinny być opodatkowane. Spółka powinna rozpoznać przychód z tytułu świadczenia niepieniężnego zgodnie z art. 14a CIT. Wartość przekazanych składników majątkowych powinna być zgodna z ich wartością rynkową, zarówno dla celów rozliczenia CIT przez spółkę, jak i zryczałtowanego opodatkowania przychodów udziałowca z kapitałów pieniężnych.

Dodatkowo należy zwrócić uwagę na koszty uzyskania przychodu w przypadku likwidacji z podziałem majątku. Przykładowo, w przypadku wydania przez spółkę jej udziałowcowi gruntu wniesionego uprzednio do spółki tytułem wkładu niepieniężnego, wydatkiem spółki na nabycie tego gruntu, stanowiącym koszt uzyskania przychodu, będzie wartość nominalna udziałów pokryta tym wkładem niepieniężnym.

Podobnie stwierdził Dyrektor KiS w interpretacji z 28 stycznia 2020 r., sygn. 0111-KDIB1-2.4010.414.2019.2.ANK, w której wskazał, że wartość nominalna wydanych w zamian za aport udziałów jest kosztem jaki poniesie spółka za otrzymanie aportu. Nie ma żadnych podstaw do przyjęcia, że do kosztów uzyskania przychodów należy zaliczyć wartość przedmiotu aportu (wartość poszczególnych składników wskazanych w wykazie majątku trwałego).

Spółka jako płatnik ma obowiązek pobrania zryczałtowanego podatku od przychodów otrzymanych przez wspólników w związku z podziałem majątku likwidowanej osoby prawnej (spółki) w stawce 19%. Ustalając podstawę opodatkowania spółka powinna uwzględnić ewentualne zwolnienie przedmiotowe przysługujące wspólnikom, o którym mowa w przepisie art. 21 ust. 1 pkt 50a ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych i pobrać podatek jedynie od nadwyżki wartości otrzymanej na skutek likwidacji spółki nad kosztami nabycia i objęcia udziałów.

Należy również rozpatrzyć skutki tej czynności w podatku VAT. Przekazanie wspólnikom przez likwidatora spółki z ograniczoną odpowiedzialnością majątku, dokonane w wyniku podziału majątku spółki pozostałego po przeprowadzeniu czynności likwidacji podlega opodatkowaniu podatkiem VAT na podstawie art. 7 ust. 2 pkt 2 ustawy o podatku od towarów i usług. Tu również należy przyjąć za podstawę opodatkowania wartość rynkową nieruchomości. Jednak warunkiem uznania, że czynność przekazania wspólnikom likwidowanej spółki z o.o. danego składnika majątku (w związku z likwidacją spółki i podziałem jej majątku) podlega opodatkowaniem podatkiem VAT zgodnie z ww. przepisem jest to, że spółce z tytułu nabycia tego składnika majątku przysługiwało (w całości lub w części) prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z tytułu nabycia ww. składnika.