Część podatników, która wybrała opodatkowanie estońskim CIT (tzw. zryczałtowanym podatkiem) po roku lub dwóch latach rezygnuje z tej formy opodatkowania i wraca do zasad ogólnych. Są różne powody tych decyzji, trzeba się też zastanowić nad ich konsekwencjami. Prawo podatnika do rezygnacji z opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek przed upływem 4 lat opisane jest w opracowanym przez Ministerstwo Finansów Przewodniku do Ryczałtu od dochodów spółek z 21 grudnia 2021 r., gdzie wskazano, iż podatnik może po upływie roku, w dowolnym momencie zrezygnować z tej formy opodatkowania, na podstawie art. 28l ust. 1 pkt 1 ustawy CIT.

Po zakończeniu opodatkowania spółki ryczałtem, będzie ona zobowiązana do zapłaty ryczałtu z tytułu zysku netto wypracowanego w okresie opodatkowania ryczałtem i w tym okresie przeznaczonego na podstawie uchwały wspólników spółki na jej kapitał zapasowy. Nastąpi to dopiero z chwilą jego rozdysponowania, zgodnie z zasadami określonymi w art. 28t ust. 1 pkt 2 ustawy CIT. A więc, w sytuacji podjęcia decyzji o rezygnacji z opodatkowania ryczałtem od dochodów spółka nie musi opodatkować niewypłaconego zysku wygenerowanego już w momencie rezygnacji z tej formy opodatkowania. Nawet po wyjściu z ryczałtu, zysk z tego okresu będzie dopiero opodatkowany w momencie jego faktycznej redystrybucji.

Rezygnując przykładowo od 1 stycznia 2024 r. z tzw. estońskiego CIT spółka powinna zaznaczyć rezygnację, składając CIT-8E za 2023 r. Pamiętajmy jednak, że zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 48c ustawy CIT nie uważa się za koszty podatkowe wydatków, odpisów, rezerw i innych kosztów poniesionych w okresie opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek i uwzględnionych w wyniku finansowym netto podatnika za dowolny rok tego okresu zgodnie z przepisami o rachunkowości. Niemożliwa jest więc sytuacja, w której podatnik zaliczy dwukrotnie (raz w ramach opodatkowania estońskim CIT, drugi na zasadach ogólnych) do kosztów podatkowych wartość uwzględnionych w wyniku finansowym netto kosztów poniesionych za dowolny okres opodatkowania estońskim CIT. Natomiast, podatnik jest uprawniony do kontynuowania amortyzacji według dotychczas stosownej metody zgodnie z przepisami o rachunkowości albo według zasad przewidzianych w ustawie o CIT (na podstawie art. 16h ust. 3e ).

W przypadku korekty cen transferowych zwiększającej wartość kosztów podatkowych podatnik przy ustalaniu wysokości kosztów uwzględnia – zgodnie z art. 15 ust. 1ab pkt 3 ustawy CIT – korektę cen transferowych, o której mowa w art. 11e , dokonaną w okresie opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek, jeżeli nie została uwzględniona w wyniku finansowym netto podatnika za dowolny rok tego okresu zgodnie z przepisami o rachunkowości i nie dotyczy transakcji dokonywanych w tym okresie.

Najbardziej bolesne skutki mogą wystąpić w przypadku rozliczenia podwyższonej straty podatkowej przed wejściem na estoński CIT. Według art. 7 ust. 8 ustawy o CIT rezygnacja z estońskiego CIT przed upływem czterech lat podatkowych, w sytuacji gdy podatnik skorzystał z prawa do rozliczenia straty z lat ubiegłych, powoduje utratę prawa do rozliczenia straty od dnia, w którym z niego skorzystał, co oznacza, że powinien przeliczyć wysokość zobowiązania podatkowego za te okresy, a tym samym ma obowiązek zapłaty podatku wraz z odsetkami za zwłokę.