Podatnicy, którzy nabywają towary i usługi od dostawców krajowych muszą weryfikować ich status zarówno na moment wystawienia faktury jak i na moment dokonania dostawy czy wykonania usługi. Wyłączenia z prawa do odliczenia VAT są zawarte w art. 88 ustawy VAT. Nie ma tam jednak podanego przypadku otrzymania faktury od sprzedawcy wykreślonego z rejestru VAT.

Okoliczność, że kontrahent został wykreślony z rejestru podatników VAT, automatycznie nie musi być podstawą do odmowy prawa do odliczenia VAT naliczonego przez nabywcę towaru czy usługi wskazanego na fakturze.

Prawo do odliczenia podatku VAT nie zależy automatycznie od statusu sprzedawcy (i jego rejestracji). Ważne, by czynność opodatkowana miała rzeczywiście miejsce i nie doszło do oszustwa podatkowego. Jednym z warunków dochowania należytej staranności w transakcjach krajowych jest sprawdzanie kontrahentów w elektronicznym Wykazie podatników VAT, czyli w tzw. białej liście, prowadzonym przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej.

Zgodnie z wyrokiem TSUE z dnia 11 grudnia 2017 r. w sprawie C-101/16 (SC Paper Consult SRL przeciwko Direcţia Regională a Finanţelor Publice Cluj-Napoca, Administraţia Judeţeană a Finanţelor Publice Bistriţa Năsăud) przepisy Dyrektywy VAT (tj. Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej) sprzeciwiają się przepisom krajowym, które odmawiają podatnikowi prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej z tego względu, że podmiot który świadczył usługi i wystawi z tego tytułu fakturę, na której wyraźnie zostały wykazane wydatki i podatek od wartości dodanej, został uznany za organ podatkowy państwa członkowskiego za nieaktywny.

W niedawno wydanej interpretacji z 2 kwietnia 2025r., sygn. 0114-KDIP1-3.4012.85.2025.1.KF, zgodził się nawet z podatnikiem w zakresie możliwości wstecznej rejestracji do VAT oraz obniżenia podatku należnego o kwotę naliczonego VAT w tym okresie, w zakresie w jakim nabyte towary i usługi były wykorzystane do wykonywania czynności opodatkowanych. Tym bardziej więc, nabywca nie może być pozbawiony prawa do odliczenia VAT. Dyrektor Krajowej Interpretacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z dnia 7 kwietnia 2021 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.86.2021.2.KP, uznał, że podatnik ma prawo odliczyć VAT w przypadku, gdy jego kontrahent nie był już czynnym podatnikiem VAT w momencie wykonania usługi i wystawienia faktur.
Art. 96 ust. 9h ustawy VAT wskazuje, że naczelnik urzędu skarbowego, na wniosek podmiotu, złożony w terminie 2 miesięcy od dnia wykreślenia z rejestru jako podatnika VAT, przywraca zarejestrowanie podmiotu jako podatnika VAT czynnego bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, jeżeli podatnik udowodni, że prowadzi opodatkowaną działalność gospodarczą, a w przypadku nieskładania deklaracji pomimo takiego obowiązku – jeżeli najpóźniej wraz ze złożeniem wniosku o przywrócenie zarejestrowania złoży brakujące deklaracje.

Podobne wątpliwości co do prawa do odliczenia podatku może mieć spółka powstała z przekształcenia przedsiębiorcy, który już przestał być podatnikiem VAT (pismo z dnia 8 lutego 2019r., Dyrektora KiS, sygn.0112-KDIL2-3.4012.634.2018.2.IP). Jednak organy podatkowe potwierdzają, że spółka z o.o. będzie miała prawo do odliczenia podatku naliczonego (w trybie art. 86 ust. 11 ustawy) z faktur otrzymanych przez podatnika przed dniem przekształcenia, jeśli podatnik nie odliczy wcześniej podatku naliczonego z tych faktur, bez konieczności wystawiania faktury korygującej bądź noty korygującej dane nabywcy.