Kluczową rolę w określeniu momentu ujęcia korekty w deklaracji JPK VAT stanowi ustalenie czy przyczyna wystawienia faktury korygującej przez sprzedawcę stanowi nową okoliczność, powstałą po wystawieniu faktury pierwotnej. W przypadku, gdy przyczyna korekty powstaje w terminie późniejszym, po dokonaniu dostawy lub np. wystąpią nowe okoliczności powodujące zmianę ceny po dokonaniu dostawy i wystawieniu faktur dokumentujących te dostawy, korekta powinna zostać ujęta w rozliczeniu za okres, w którym powstała przyczyna korekty, gdyż faktury zostały wystawione poprawnie, tzn. nie były wynikiem błędu czy pomyłki ze strony wystawiającego faktury.

Skoro podwyższenie przez podatnika cennika towarów jest związane np. z renegocjowaniem cen dostarczanych towarów w związku ze wzrostem cen energii oraz inflacją, to na mocy tych uzgodnień podatnik uzyskuje prawo do podwyższenia cen w zawartych umowach. W momencie wystawienia faktury pierwotnej, podatek należny z tytułu dostawy towarów wykazany był w fakturze pierwotnej w prawidłowej wysokości (biorąc pod uwagę okoliczności aktualne na ten moment), a dopiero zdarzenie, czyli uzgodnienia przeprowadzone przez pracowników, które następuje po sprzedaży stanowi podstawę do podwyższenia ceny, a w konsekwencji – dokonania korekty poprzez podwyższenie podatku.

W tym przypadku dopiero to zdarzenie zwiększa wysokość prawidłowo wcześniej wykazanej podstawy opodatkowania i podatku należnego z tytułu dokonanej sprzedaży. Korekta podstawy opodatkowania powinna być ujmowana w momencie zaistnienia zdarzenia skutkującego podwyższeniem ceny. Korekta jest spowodowana przyczyną „następczą” (przyczyną będą nowe ustalenia stron dokonane prze pracowników działu sprzedaży) – obowiązek rozliczenia wystawionych faktur korygujących powstaje w rozliczeniu za okres, w którym powstała przyczyna korekty.

W konsekwencji, w takiej sytuacji podatnik nie będzie mieć obowiązku rozliczania faktur korygujących w miesiącu, w którym wykazał pierwotny obowiązek podatkowy. Podatnik będzie zobowiązany rozliczyć wystawione faktury korygujące do faktur pierwotnych in plus w deklaracji podatkowej JPK VAT za okres rozliczeniowy, w którym powstała przyczyna korekty, czyli za okres, w którym warunki uzgodnienia zostały zawarte.

W ramach powyższego rozróżnienia można również dokonać podziału tych faktur ze względu na powód ich wystawienia:

• jeżeli korekta spowodowana jest przyczynami powstałymi już w momencie wystawienia faktury pierwotnej, to powinna ona zostać rozliczona w deklaracji podatkowej JPK za okres, w którym została wykazana faktura pierwotna;
• w sytuacji, gdy korekta jest spowodowana przyczynami zaistniałymi po dokonaniu sprzedaży (przykładowo zaistniały nowe okoliczności transakcji skutkujące zwiększeniem podstawy opodatkowania), korekta powinna być dokonana w deklaracji podatkowej JPK za miesiąc, w którym wystawiono fakturę korygującą. Taki przypadek będzie miał miejsce, gdy w fakturze pierwotnej podatek należny został wykazany w prawidłowej wysokości, natomiast przyczyna korekty powstała później i nie była możliwa do przewidzenia w momencie wystawienia faktury pierwotnej;
• późniejsze wykrycie błędu w fakturze pierwotnej stanowi przyczynę zwiększenia podstawy opodatkowania rozliczanej w deklaracji podatkowej za okres, w którym została wykazana faktura pierwotna.