Szczególne zasady wymiaru i poboru podatku w imporcie towarów wiążą się ze specyfiką importu jako czynności opodatkowanej podatkiem od towarów i usług. Inaczej rozliczany jest VAT przy imporcie towarów w procedurze ogólnej a inaczej w procedurze rozliczenia VAT w samej deklaracji zgodnie z art. 33a ustawy VAT.

Zasada ogólna wskazuje, że w przypadku importu towarów obowiązek podatkowy powstaje z chwilą powstania długu celnego, natomiast dług celny powstaje w chwili przyjęcia zgłoszenia celnego. A więc, momentem powstania obowiązku podatkowego jest chwila przyjęcia zgłoszenia celnego, a w konsekwencji, to w deklaracji JPK składanej za ten okres rozliczeniowy podatnik jest zobowiązany do rozliczenia kwoty podatku należnego z tytułu importu towarów w przypadku korzystania z procedury, o której mowa w art. 33a ust. 1 ustawy.

Podczas dokonywania zgłoszeń celnych mogą się zdarzyć sytuacje, w których w wyniku niezamierzonej omyłki podatnik wykaże odprawy celne dokonane dwa razy na podstawie tej samej faktury. W razie zaistnienia takiej sytuacji i jej zidentyfikowania, podatnik powinien niezwłocznie wystąpić do właściwego Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego z wnioskiem o anulowanie błędnego zgłoszenia celnego. W następstwie takiego wniosku ww. organ powinien wydać decyzję unieważniającą uprzednio dokonane zgłoszenie celne.

W interpretacji indywidualnej z dnia 18 lutego 2019 r., znak 0111-KDIB3-3.4012.380.2018.l.MK Dyrektor KIS uznał, że błąd polegający na podwójnym wykazaniu w rejestrze odpraw uproszczonych odprawy celnej na podstawie tej samej faktury, skutkował będzie powstaniem po stronie polskiego podatnika obowiązku podatkowego z tytułu importu towarów w rozliczeniu za okres, w którym zostało przyjęte zgłoszenie celne, tj. powstał dług celny. Jednocześnie wskazał, że w sytuacji, gdy w okresie rozliczeniowym, w którym powstał obowiązek podatkowy, podatnik nie uzyska decyzji unieważniającej omyłkowo złożone zgłoszenie celne, będzie zobligowany do wykazania VAT należnego z tytułu importu towarów w deklaracji za ten okres, jeśli stosuje procedurę uproszczoną z art. 33a ustawy.

Ograniczenia w zwrocie podatku wynikają z samej ustawy VAT. Zgodnie z art. 40 ustawy VAT, w przypadku, gdy kwota podatku z tytułu importu została nadpłacona, podatnikowi nie przysługuje zwrot nadpłaconego podatku, jeżeli kwota nadpłaconego w imporcie podatku pomniejszyła kwotę podatku należnego.

Przepis art. 33a ustawy VAT umożliwia podatnikom rozliczenie podatku należnego od importu towarów według zasady szczególnej, tj. na zasadach analogicznych do rozliczenia podatku od importu usług i wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów – a zatem poprzez ujęcie kwot podatku należnego i naliczonego w deklaracji podatkowej. W rezultacie, poprzez skorzystanie z rozwiązania przewidzianego w art. 33a ustawy VAT podatnikowi udaje się uniknąć określonej w art. 33 ust. 4 konieczności zapłaty podatku na rachunek bankowy urzędu skarbowego właściwego do poboru kwoty należności celnych przywozowych wynikających z długu celnego. Na podstawie omawianego przepisu uprawniony podatnik może rozliczyć podatek od importu towarów w okresowej deklaracji podatkowej.

Oznacza to, że brak fizycznej zapłaty podatku na rachunek właściwego naczelnika urzędu skarbowego powoduje, że nie można mówić o tym podatku w kategorii podatku nadpłaconego objętego jakimkolwiek uprawnieniem do uzyskania jego zwrotu w sytuacji mylnego zgłoszenia celnego.