Przedsiębiorcy, którzy już działają w nowym systemie KSeF mogą wystawiać fakturę korygującą – ustrukturyzowaną. W przypadku korekt niewpływających na wartość podstawy opodatkowania i kwotę podatku (np. data sprzedaży, adnotacja MPP czy metoda kasowa) w fakturze korygującej należy wskazać prawidłową treść korygowanych pozycji. Nadal istnieje również możliwość wystawienia w tym zakresie noty korygującej przez nabywcę (poza KSeF).

Większość podatników (sprzedawców) – co do zasady – będzie mogła dokonywać obniżenia podstawy opodatkowania lub podatku należnego już za okres rozliczeniowy, w którym wystawią fakturę ustrukturyzowaną korygującą. Będzie to dotyczyć m.in. faktur korygujących wystawionych w związku z udzieleniem rabatu, obniżek cen, zwrotem towaru, zwrotem zaliczki, czy stwierdzeniem, że w fakturze pierwotnej wykazano zawyżoną kwotę VAT.

W przypadku wystawienia faktury korygującej in minus w postaci papierowej lub elektronicznej, czyli poza KSeF (dla których przepisy zezwalać będą na wystawianie faktur w postaci papierowej lub elektronicznej) podatnik – na podstawie dodanego do art. 29a ust. 13a ustawy o VAT – obniżenia podstawy opodatkowania, w stosunku do podstawy określonej na wystawionej fakturze z wykazanym podatkiem, będzie dokonywał za okres rozliczeniowy, w którym otrzyma potwierdzenie otrzymania faktury korygującej przez nabywcę towaru lub usługobiorcę.

Faktury korygujące wystawione podczas awarii KSeF oraz w trybie offline będą musiały obowiązkowo być przesłane do KSeF odpowiednio w terminie nie później niż 7 dni roboczych od dnia zakończenia awarii Krajowego Systemu e-Faktur oraz nie później niż w następnym dniu roboczym po dniu ich wystawienia w przypadku trybu offline, w celu przydzielenia numeru identyfikującego te faktury w Krajowym Systemie e-Faktur. Tak wynika z art. 106nf ust. 6 i art. 106nh ust. 2 ustawy VAT.

Zgodnie z art. 29a ust. 13b ustawy o VAT, jeżeli podatnik wystawi fakturę korygującą zgodnie z art. 106nf (w sytuacji awarii) albo z art. 106nh (w sytuacji trybu offline) oraz prześle ją do Krajowego Systemu e-Faktur w celu przydzielenia numerów identyfikujących te faktury w KSeF przed otrzymaniem potwierdzenia otrzymania faktury korygującej – to obniżenia podstawy opodatkowania, w stosunku do podstawy określonej na wystawionej fakturze z wykazanym podatkiem, będzie mógł dokonać za okres rozliczeniowy, w którym prześle fakturę korygującą do Krajowego Systemu e-Faktur.

Natomiast nabywca będzie obowiązany do skorygowania podatku naliczonego in minus (np. z tytułu rabatu, zwrotu towaru, stwierdzenia pomyłki w kwocie podatku na fakturze pierwotnej) w rozliczeniu za okres, w którym otrzyma ustrukturyzowaną fakturę korygującą. W związku z tym, że moment wystawienia faktury w KSeF jest, co do zasady, tożsamy z datą otrzymania takiej faktury przez nabywcę, możliwe będzie odstąpienie od dotychczasowych zasad korekty (tj. momentu uzgodnienia warunków obniżenia podstawy opodatkowania oraz spełnienia tych uzgodnionych warunków).

W przypadku gdy podatnik wystawi fakturę in minus inną niż faktura ustrukturyzowana – nabywca towaru lub usługi będzie obowiązany do zmniejszenia podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał fakturę korygującą (zgodnie z art. 86 ust. 19ab ustawy o VAT). Chodzi o sytuację, kiedy faktura pierwotna nie jest wczytana do KSeF, gdyż pochodzi z okresu przed 1 lipca 2024 roku i do niej jest wystawiana faktura korekta.