Spółkę objętą estońskim CIT można poddać restrukturyzacji, która nie spowoduje utraty prawa do zastosowania preferencji podatkowej. W art. 28l ustawy o CIT wskazano moment i warunki utraty prawa do opodatkowania ryczałtem, m.in. w przypadku zaistnienia zdarzeń związanych z naruszeniem warunków stosowania tej formy opodatkowania, tj. określonych warunków organizacyjno-prawnych podmiotu, obowiązku prowadzenia ksiąg rachunkowych czy warunków związanych z restrukturyzacją podmiotów.

Podatnik opodatkowany estońskim CIT traci prawo do tego opodatkowania m.in. z końcem roku poprzedzającego rok podatkowy, w którym podatnik dokona przejęcia innego podmiotu w drodze łączenia albo podziału podmiotów, chyba że podmiot przejmowany lub dzielony jest opodatkowany estońskim CIT.

Zgodnie z art. 529§1 pkt 4 KSH: podział może być dokonany przez przeniesienie części majątku spółki dzielonej na istniejącą lub nowo zawiązaną spółkę albo spółki za udziały lub akcje spółki albo spółek przejmujących, nowo zawiązanych lub spółki dzielonej, które obejmują wspólnicy spółki dzielonej (podział przez wydzielenie).

Jest to jedyny podział, który nie skutkuje rozwiązaniem spółki dzielonej (art. 530§1 i §2 KSH). Celem podziału przez wydzielenie jest to, że spółka dzielona nie przestaje istnieć, a następuje jedynie przeniesienie części jej majątku na inny podmiot. Podział może nastąpić poprzez przeniesienie części majątku na inną spółkę. Jeśli na moment podziału zarówno jedna jak i druga spółka będą opodatkowane ryczałtem od dochodów spółek na zasadach określonych w rozdziale 6b ustawy o CIT, to nie zajdą przesłanki do utraty prawa do opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek. Stanowisko to potwierdza m.in. interpretacja Dyrektora KIS z 27 kwietnia 2026 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.41.2026.4.DW.

Należy również pamiętać, że w związku z podziałem nie może nastąpić zmiana struktury właścicielskiej, tj. wspólnikami pozostają wyłącznie osoby fizyczne. Dla oceny skutków podatkowych zachowania prawa do opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek nie ma znaczenia, czy wydzielany ze spółki dzielonej i przenoszony do innej spółki zespół składników majątkowych stanowi zorganizowaną część przedsiębiorstwa (ZCP). Dla zachowania prawa do ryczałtu w przypadku podziału przez wydzielenie istotne jest tylko czy spółka, do której przenoszone są wydzielane składniki majątku i spółka dzielona są opodatkowane ryczałtem od dochodów spółek.

Natomiast dochód z tytułu zmiany wartości składników majątku może powstać po stronie podlegającej opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek spółki przejmującej składniki majątku (wydzielone). Wówczas musi wykazać dochód w deklaracji CIT-8E i zapłacić podatek. Spółka dzielona zaś nie będzie zobowiązana do zapłaty podatku od dochodu z tytułu zmiany wartości składników majątku, na podstawie art. 28m ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.