Środki z programu KPO są pozyskiwane przez przedsiębiorców z różnych branż. Beneficjentami funduszy w ramach KPO mogą być m.in. przedsiębiorcy i przedsiębiorstwa, którzy przeznaczą te środki na dywersyfikację profilu działalności, odbudowę i rozbudowę potencjału inwestycyjnego. Formy wsparcia finansowego, w tym przede wszystkim w postaci środków pochodzących z instrumentu na rzecz odbudowy i zwiększania odporności, przeznaczone na wsparcie o charakterze bezzwrotnym i nie stanowią przychodów podatkowych, a wydatki z nich sfinansowane nie mogą stanowić kosztów uzyskania przychodów.

Regulacje te dotyczą podatników rozliczających podatek dochodowy od osób prawnych na tzw. zasadach ogólnych. W przypadku estońskiego podatnika rozliczenie przychodów i kosztów podatkowych do wyliczenia dochodu jako różnicy między nimi nie występuje. Skorzystanie przez spółkę na estońskim CIT z formy wsparcia dla przedsiębiorców, bez względu na źródło z jakiego będą pochodziły środki, nie wyłączy możliwości skorzystania przez nią z opodatkowania w formie ryczałtu od dochodów spółek oraz nie doprowadzi do utraty prawa do skorzystania z tej formy opodatkowania.

Wyjątek stanowi art. 28k ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT, zgodnie z którym korzystanie przez podatnika ze zwolnień przewidzianych wart. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, a dotyczących dochodów podatników z działalności gospodarczej osiągniętych z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji i uzyskane na terenie określonym w tej decyzji o wsparciu, stoi na przeszkodzie skorzystaniu przez podatnika z możliwości rozliczania podatku dochodowego od osób prawnych w formie ryczałtu od dochodów spółek. Dofinansowanie z KPO stanowi jednak inny rodzaj środków i podlega innej procedurze i regulacjom niż te o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 i art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Jeśli otrzymane dofinansowanie spółka będzie wydatkować na planowaną inwestycję to wydatki te mają bezpośredni związek z prowadzoną działalnością gospodarczą i wydatkowanie środków otrzymanych z KPO na tą inwestycję nie stanowi dla spółki dochodu z tytułu wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą, a tym samym nie podlega opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek w myśl art. 28m ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT. Potwierdza to m.in. interpretacja Dyrektora KiS z 12 października 2023 r., sygn. 0114-KDIP2-2.4010.448.2023.1.PK.

W przypadku otrzymania dotacji z KPO np. do zakupu środka trwałego, estoński podatnik ewidencjonuje ją w księgach rachunkowych drugostronnie na koncie rozliczeń międzyokresowych przychodów. Równolegle do odpisów amortyzacyjnych, po aktywacji środka trwałego, dotację odnosi stopniowo na zwiększenie pozostałych przychodów operacyjnych przez okres użytkowania związanego z nią składnika aktywów trwałych.

W momencie wejścia estońskiego podatnika do struktury podatku dochodowego JPK KR PD,  do kont tych będzie musiał przypisać znaczniki bilansowe, wynikowe oraz podatkowe, a środek trwały zaprezentować w strukturze JPK ŚT KR.