Szczególny reżim opodatkowania, jakim jest ryczałt od dochodów spółek, oparty został na zasadzie, że przedmiotem opodatkowania jest efektywna dystrybucja zysku a nie dochód osiągnięty z prowadzonej działalności przez spółkę. Transakcji związanych ze zmianą wartości składników majątku w spółkach jest wiele – począwszy od restrukturyzacji aż po przedawnienie zobowiązań czy umorzenie należności. Nie wszystkie z nich będą rodzić obowiązki zapłaty podatku dochodowego w reżimie systemie CIT.

Zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 4 ustawy CIT, w przypadku łączenia podmiotów opodatkowaniu ryczałtem podlega dochód odpowiadający nadwyżce wartości rynkowej składników przejmowanego majątku ponad wartość podatkową tych składników (tzw. dochód z tytułu zmiany wartości składników majątku). Jak wynika z art. 28m ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT, w dochodzie ustalonym dla celów ryczałtu uwzględniane są wzrosty wartości majątku powstające w następstwie określonych form restrukturyzacyjnych, tj. łączenie, podział, przekształcenie podmiotów lub wniesienie przez osobę fizyczną w drodze wkładu niepieniężnego przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części. Każda zatem reorganizacja skutkująca czy to np. zmianą w strukturze właścicielskiej (jak w przypadku łączenia czy podziału), czy modyfikacją formy prawnej (jak w przypadku przekształcenia) podatkowo traktowana jest jako moment ustalenia dochodu do opodatkowania w postaci dochodu z tytułu zmiany wartości składników majątku. Dochód ten ustala się jako nadwyżka wartości rynkowej składników przejmowanego, przekształcanego majątku lub wniesionego w drodze wkładu niepieniężnego ponad ich wartość podatkową.

Przykładowo, w piśmie z dnia 2 maja 2024 r. o sygn. 0111-KDIB1-1.4010.124.2024.2.RH Dyrektor KiS stwierdził, iż w przypadku połączenia, ujętego w księgach rachunkowych zgodnie z metodą łączenia udziałów, dochód z tytułu zmiany wartości składników majątku nie powstaje. Skoro metoda łączenia udziałów nie pozwala na przyjęcie składników majątku przejmowanej spółki w innej wartości niż ich wartość wynikająca z ksiąg rachunkowych spółki przejmowanej (wartość historyczna), ich wartość nie zmieni się. Kluczowa dla ustalenia, czy po stronie spółki powstanie obowiązek podatkowy pozostaje definicja rozdysponowanego dochodu z tytułu zysku netto. Ważne więc, aby zysk netto nie został w toku tej operacji w żaden sposób rozdysponowany na rzecz wspólników będącymi osobami fizycznymi, przesądza to wówczas o braku przesłanek do powstania zobowiązania podatkowego.

Tak samo będzie w przypadku przekształcenia spółki w inną spółkę kapitałową – spółkę przekształconą – w okresie, w którym spółka wybrała opodatkowanie ryczałtem z założeniem, że spółka przekształcona będzie kontynuowała opodatkowanie ryczałtem nie powstanie „dochód z tytułu zmiany wartości składników majątku” w rozumieniu art. 28m ust. 1 pkt 4 Ustawy CIT ani w spółce przekształcanej ani w spółce kapitałowej (spółce przekształconej). Potwierdził to Dyrektor KiS w interpretacji z 9 lutego 2023 r., sygn. 0111-KDIB1-1.4010.35.2023.2.MF.

Podobnie zmiany wartości majątku poprzez wyksięgowanie przedawnionych zobowiązań nie stanowią samodzielnej przesłanki do naliczenia podatku dochodowego rozliczanego w formule estońskiego CIT. Jedynie wartość przedawnionych zobowiązań może wpływać na wysokość zysku za dany rok obrachunkowy i w konsekwencji zmniejszać lub zwiększać go do przyszłego podziału w formie dywidendy.