Wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów ma miejsce w przypadku nabycia towarów od kontrahenta z Unii Europejskiej, ale może wystąpić również w innych przypadkach. Przykładowo, może obejmować transakcję zakupu od sprzedawcy z siedzibą na innym kontynencie, np. w Azji wraz z dostawą towarów z jego magazynów na terenie UE.

Dokonujący wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów na terytorium kraju musi z tego tytułu rozliczyć podatek VAT w Polsce. Wobec powyższego, ma on obowiązek dokonania samoobliczenia podatku należnego z tego tytułu i wykazania go w deklaracji podatkowej za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy.

Z brzmienia art. 9 ust. 1 ustawy wynika, że aby wystąpiło wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów (WNT), po pierwsze, podmiot z jednego państwa członkowskiego musi nabyć prawo do rozporządzania towarami jak właściciel (na rzecz tego podmiotu ma być dokonana dostawa), a po drugie towary te w wyniku dokonanej dostawy mają zostać wysłane lub przetransportowane z terytorium jednego państwa członkowskiego na terytorium innego państwa członkowskiego. Przy czym, pozostaje bez znaczenia, kto faktycznie przewozi towar i na czyje zlecenie jest to czynione, gdyż towary mogą być wysyłane lub transportowane przez dokonującego dostawy, nabywcę towarów lub na ich rzecz. Treść przepisu nie wskazuje również jednoznacznie, w jakim terminie ta wysyłka musi się odbyć.

Kontrahent spoza UE, który dokonuje sprzedaży towaru z magazynu znajdującego się na terenie UE, jest traktowany jako podatnik VAT, nawet jeżeli nie dokona rejestracji w kraju położenia magazynu. Jeśli dostawca (sprzedający) nie poda ważnego i właściwego numeru VAT UE i podatnik nie będzie  w stanie uzyskać takiego numeru we własnym zakresie (z umowy, faktury, korespondencji handlowej) lub też dostawca nie będzie zarejestrowany do celów VAT UE na terenie Unii, to takiej transakcji nie można (ze względów technicznych) wykazać w składanej do urzędu skarbowego informacji podsumowującej o dokonanych wewnątrzwspólnotowych transakcjach VAT-UE – system informatyczny nie przepuści takiego dokumentu.

W konsekwencji, podatnik nie będzie mieć obowiązku wykazywania takiej transakcji w informacji podsumowującej VAT-UE, a jedynie jako WNT w deklaracji JPK_V7M w poz. 23 i 24. Jednocześnie organy podatkowe wskazują (m.in. Dyrektor KiS w interpretacji z 10 lutego 2025 r., sygn. 0112-KDIL1-3.4012.746.2024.1.KK), że podatnik powinien odrębnie wyjaśnić rozbieżności pomiędzy danymi zawartymi w złożonej deklaracji JPK_V7M i w informacji podsumowującej, składając pisemne wyjaśnienie o braku identyfikacji kontrahenta, podając szczegółowe dane identyfikacyjne dostawcy towaru, powiadamiając urząd skarbowy o przyczynie braku wykazania tej transakcji w informacji podsumowującej.

Mimo wykazania WNT w JPK w ewidencji sprzedaży, transakcji tej podatnik również nie będzie wykazywał docelowo w Krajowym Systemie e-Faktur, gdyż jest to faktura zakupu a nie sprzedaży.