Faktury wewnętrzne są wystawiane także dla udokumentowania zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze. Najczęstszym powodem wstawiania takich faktur wewnętrznych są czynności nieodpłatnego przekazania towarów, przy nabyciu których podatnikowi przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, czynności nieodpłatnego świadczenia usług na cele niezwiązane z prowadzoną działalnością gospodarczą, wewnątrzwspólnotowe nabycia towarów, świadczenia usług, dla którego podatnikiem jest ich usługobiorca (w przeważającej mierze będzie to import usług) oraz dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca (od kwietnia 2011 r. rozliczane w ten sposób są transakcje dotyczące złomu oraz – od lipca 2011 r. – innych odpadów przetwarzalnych). Przy transakcjach transgranicznych (nabycia wewnątrzwspólnotowe, czy import usług) często zdarza się, że faktura wewnętrzna stanowi jedyny rodzaj dokumentu księgowego jaki jest związany z dana transakcją. Brak jest nawet faktury od podatnika zagranicznego, który jej nie wystawił lub wystawił z opóźnieniem. Od kwietnia 2011 r. podobne sytuacje mogą mieć miejsce przy nabywaniu od polskich podatników odpadów przetwarzalnych. Sprzedawcy wiedząc, że ich faktury nie zawierają podatku, który jest rozliczany przez nabywcę, nie przywiązują do nich takiej wagi jak przed zmianą przepisów.
Zatem czy w sytuacji braku faktury od dostawcy faktura wewnętrzna może kreować moment powstania obowiązku podatkowego w stosunku do części z wymienionych wyżej transakcji. Hipotetycznie sytuacja taka może mieć miejsce kiedy nabywamy usługi (stanowiące import usług) inne niż wymienione w art. 28b ustawy o VAT, np. usługi krótkoterminowego najmu środków transportu, czy też usługi cateringowe, bądź też dokonujemy zakupu odpadów przetwarzalnych. Jednak na pewno nie wystąpi przy wewnątrzwspólnotowych nabyciach towarów – tu szczegółowo stan prawny reguluje art. 20 ust. 5 i 6 ustawy o VAT, który wyklucza możliwość wpływu faktury wewnętrznej na powstanie obowiązku podatkowego.
Rozpatrzmy taką sytuację na przykładzie zakupu odpadów przetwarzalnych. W dniu 30 lipca 2011 r. nabywca zakupił 1 tonę stłuczki szklanej. Wydanie stłuczki nastąpiło tego samego dnia. Sprzedawca będzie zobowiązany do wystawienia faktury sprzedaży do dnia 6 sierpnia włącznie. Co się stanie gdy faktura nie zostanie wystawiona przez sprzedawcę? Zgodnie z art. 19 ust. 4 ustawy o VAT jeżeli dostawa towaru lub wykonanie usługi powinny być potwierdzone fakturą, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w 7. dniu, licząc od dnia wydania towaru lub wykonania usługi. Obowiązek podatkowy w świetle ww. przepisu powinien powstać w dniu 6 sierpnia 2011 r., o ile faktura nie zostanie wystawiona. Jednakże, czy moment powstania obowiązku podatkowego może być uzależniony od wystawionej przez nabywcę faktury wewnętrznej, jeżeli zostałaby ona wystawiona przed 6 sierpnia 2011 r. Załóżmy, że nabywca wystawił fakturę wewnętrzną w dniu 31 lipca 2011 r. Czy tak wystawiona faktura wewnętrzna będzie kreować obowiązek podatkowy, który powstałby w rozliczeniu za lipiec (z datą wystawienia faktury wewnętrznej), czy też nie będzie miała ona żadnego wpływu na powstanie obowiązku podatkowego przy nabyciu owej stłuczki szklanej.
Należy przypomnieć, że przepis dotyczący faktur wewnętrznych zawarty jest w rozdziale 1, działu XI ustawy o VAT, zatytułowanym „Faktury”. Skoro faktura wewnętrzna jest również fakturą to powinna ona kreować obowiązek podatkowy w takich sytuacjach jak przedstawiona powyżej. Wydaje się jednak, że pogląd ten choć znajdujący oparcie w ww. przepisach jest nieprawidłowy. Potwierdza to wyrok Naczelnego Sadu Administracyjnego w Warszawie z dnia 24 marca 2011 r. sygn. akt I FSK 352/10 dotyczący obowiązku zapłaty podatku wynikającego z faktury wewnętrznej na podstawie przepisu art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Sąd stwierdził w nim, że art. 108 ust. 1 ustawy o VAT nie ma zastosowania do faktur wewnętrznych dokumentujących wewnątrzwspólnotowe nabycie towaru. Faktura ta dokumentuje bowiem podatek należny od podatnika, który jednocześnie dla tego samego podatnika stanowi podatek naliczony.
Dodatkowo NSA wypowiedział się w sprawie faktur wewnętrznych, stwierdzając: „Faktura wewnętrzna, jak wskazuje jej nazwa, ma charakter jedynie dokumentu wewnętrznego, którym podatnik ma udokumentować określone czynności wskazane w art. 106 ust. 7 u.p.t.u., co stanowić ma jednocześnie ułatwienie dla organów podatkowych dokonujących kontroli rozliczania przez podatnika tychże czynności. Jako niewystawiana na zewnątrz, dla odbiorcy udokumentowanej czynności, faktura ta pełni rolę wewnętrznego dokumentu rozliczeniowego, a zatem zupełnie inną niż faktura VAT”. Analogiczne stanowisko zajął NSA w wyroku z dnia
2 lipca 2010 r. sygn. akt I FSK 1203/09.
Z powyższego wynika, że w ocenie NSA faktura wewnętrzna pomimo jej unormowania w rozdziale ustawy o VAT dotyczącym faktur „pełni rolę wewnętrznego dokumentu rozliczeniowego, a zatem zupełnie inną niż faktura VAT”, a w konsekwencji jej wystawienie nie może kreować momentu powstania obowiązku podatkowego, nawet w sytuacji wystawienia jej przed terminem, o którym mowa wart. 19 ust. 4 ustawy o VAT.