Obowiązujące regulacje prawne dopuszczają możliwość przechowywania faktur otrzymanych w formie elektronicznej lub papierowej, w dowolny sposób z uwzględnieniem przechowywania faktur w podziale na okresy rozliczeniowe, w sposób zapewniający łatwe ich odszukanie oraz autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność tych faktur od momentu ich otrzymania aż do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Natomiast, podatnik zobowiązany jest zapewnić odpowiednim organom na żądanie, zgodnie z odrębnymi przepisami, bezzwłoczny dostęp do faktur, a w przypadku faktur przechowywanych w formie elektronicznej – również bezzwłoczny ich pobór i przetwarzanie danych w nich zawartych.

Przechowywanie faktur otrzymanych w formie papierowej

Faktury otrzymane w formie papierowej również mogą być przechowywane w formie elektronicznej w dowolny sposób, przy czym sposób ten powinien odpowiadać wymogom wskazanym przez ustawodawcę (art. 106m oraz art. 112a ustawy o VAT). Od momentu, w którym Krajowy System e-Faktur stanie się obowiązujący dla podatników, czyli od 1 lipca 2024 roku, nie będzie co do zasady obowiązku archiwizowania faktur w innej formie. Dostawcy nie będą już przekazywać faktur w wersji papierowej.

Jednak dla bezpieczeństwa podatkowego warto pomyśleć o dodatkowych kopiach zapasowych faktur z KSeF. Co prawda, w KSeF faktury będą przechowywane dłużej niż termin przedawnienia zobowiązania podatkowego ( liczony przez 5 lat od zakończenia roku, w którym upłynął termin płatności podatku). Zgodnie z Artykuł 112aa ust. 1 ustawy faktury ustrukturyzowane są przechowywane w Krajowym Systemie e-Faktur przez okres 10 lat, licząc od końca roku, w którym zostały wystawione. Dodatkowo dostęp do nich podatnik może mieć całą dobę, z dowolnego komputera czy telefonu komórkowego.

Wyjątki od tej reguły mogą dotyczyć faktur, które nie będą wymagały wczytania do KSeF, takich jak m. in. faktury VAT RR, faktury wystawiane na konsumentów czy faktury w procedurze OSS dla konsumentów unijnych. Te faktury będą wymagały przechowywania w dotychczasowej formie i trybie wybranym przez podatnika.

Prawidłowe przechowywanie dokumentów

Prawidłowe przechowywanie dokumentów jest niezbędne do tego, aby podatnik nie utracił nabytego wcześniej prawa do odliczenia podatku VAT w przypadku ewentualnej kontroli organów podatkowych, które to organy muszą mieć dostęp do otrzymanych przez podatnika faktur. Prawidłowość przechowywania faktur zostaje więc weryfikowana co do zasady przez organy podatkowe, które na podstawie przechowywanych przez podatnika dokumentów oceniają, czy podatnik miał podstawy do obniżenia kwoty podatku należnego w związku z nabywanymi towarami i usługami.

Zdarzają się sytuacje, że faktura została wystawiona przed rejestracją podatnika do VAT i wówczas prawo do odliczenia może podlegać ograniczeniu, jeśli podatnik nie wykaże związku z przyszłymi czynnościami opodatkowanymi.

Dodatkowo, warto pamiętać, że niektóre faktury wymagają przechowania niekiedy nawet dłużej niż 10 lat, jeśli dotyczą środków trwałych, które są amortyzowane przez kilkanaście lat, jak np. budynki. Podobnie będzie w sytuacji, kiedy podatnik w wyniku prowadzonych czynności egzekucyjnych ma przerwany bieg terminu przedawnienia zobowiązania i wówczas okres przechowywania faktur może być dłuższy niż 10 lat. Dlatego też aby uniknąć przyszłych potencjalnych problemów, podatnicy powinni zapewnić dodatkowy elektroniczny system archiwizacji poza KSeF.