Nieruchomości, które są uznane przez podatników za środki trwałe, mogą podlegać modernizacji poprzez dobudowanie dodatkowej powierzchni wykorzystywanej do celów prowadzonej działalności gospodarczej. Dla celów opodatkowania podatkiem dochodowym (w tym kwestii ustalenia kosztów podatkowych) nie ma możliwości ustalenia różnych stawek amortyzacyjnych dla poszczególnych części tego samego środka trwałego. Przepisy ustawy o CIT odwołują się do stawki amortyzacyjnej ustalonej dla danego środka trwałego, a nie dla części takiego środka.

Oznacza to, że ta sama stawka amortyzacyjna ma zastosowanie do środka trwałego w jego pierwotnym kształcie, jak i do nakładów o charakterze ulepszeniowym. Podział środka trwałego (a w zasadzie jego wartości początkowej) dokonywany jest wyłącznie na potrzeby ustalenia momentu rozpoczęcia amortyzacji od podwyższonej wartości. Amortyzacji podlegają, zgodnie z art. 16a ustawy o CIT środki trwałe, które są „kompletne i zdatne do użytku w dniu przyjęcia do używania”. Moment rozpoczęcia amortyzacji uzależniony jest od tego, kiedy dana część środka trwałego spełnia kryterium kompletności i zdatności.

W sytuacji, gdy dobudowana część budynku jest integralnie związana z istniejącym obiektem i służy temu samemu celowi, należy traktować ją jako jeden środek trwały, który musi mieć jeden dokument OT. Podział wartości początkowej środka trwałego dla celów określenia momentu rozpoczęcia amortyzacji nie ma jednak znaczenia dla kwestii związanych ze stawką amortyzacyjną – ta dotyczy całego środka trwałego.

Podstawą dokonywania odpisów amortyzacyjnych od miesiąca następującego po miesiącu, w którym dokonano ulepszenia, będzie pierwotna wartość początkowa środka trwałego powiększona o wartość ulepszenia. Wskazuje na to m.in. interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 20 stycznia 2021 r., nr 0111-KDWB.4010.52.2020.3.APA.

W nowej strukturze JPK ŚT KR, którą podatnicy będą wysyłać do urzędu skarbowego po raz pierwszy za 2026 roku, jest kolumna E15, w której należy wskazać zmianę wartości początkowej podatkowej i kolumna E24, w której należy wskazać zmianę wartości początkowej rachunkowej m.in. ma skutek ulepszenia.

W ramach przygotowań do wygenerowania prawidłowego JPK ŚT KR należy sprawdzić czy dla nieruchomości został przypisany właściwy numer KŚT, który prezentowany jest w kolumnie E8 w JPK ŚT KR. O zaliczeniu budynku (lokalu) do właściwej podgrupy i rodzaju decyduje m.in. konstrukcja i wyposażenie, a nie sposób użytkowania, który w praktyce bywa czasem niezgodny z przeznaczeniem. O zmianie pierwotnego przeznaczenia na stałe decyduje każdorazowo wykonanie odpowiednich robót budowlano-adaptacyjnych. W przypadku reklasyfikacji w JPK ŚT KR należy wypełnić kolumnę E32. Przy nieruchomości o zaliczeniu obiektu do właściwej podgrupy i rodzaju decyduje główne jego przeznaczenie (uwagi szczegółowe do Grupy I w KŚT). Organem uprawnionym do orzekania w zakresie Klasyfikacji Środków Trwałych jest Urząd Statystyczny a nie Urząd Skarbowy.